EMPIAR-13782 - Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with human neutralizing antibody WRAIR-2008 [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-13782

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike protein in complex with human neutralizing antibody WRAIR-2008 [multiple data sets in MRC format]

Publication:

First-generation N-terminal domain supersite public antibodies retain activity against Omicron-derived lineages and protect mice against Omicron BA.5 challenge

Jensen JLJ, Thomas PVT, Joyce MGJ

mBio (---)

DOI: 10.1128/mbio.01036-25

Related EMDB entry:

EMD-48284

Deposited:

2025-08-14

Released:

2026-07-20

Last modified:

2026-07-20

Imageset size:

928.71 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13782

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame
reconstructed volumes

Image Sets

1. Motion corrected, SARS-CoV-2 spike protein in complex with human neutralizing antibody WRAIR-2008

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

10567

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.873, 0.873)

Details:

Motion corrected, SARS-CoV-2 spike protein in complex with human neutralizing antibody WRAIR-2008 collected using SerialEM on a K3 camera in counting, non-CDS mode on a JEOL CryoARM 200 operated at 200kV (Cs=2.7) in EFTEM mode with a 20eV slit. The nominal dose per movie was ~60 e/Å^2 and motion-correction was performed using CryoSPARC v4.4.0.

Picked particle stack is not included, but alignment metadata for final global reconstruction (EMDB: 48284 PDB: 9mi3 (global)) is included in refined_particles.star. Instructions for CryoSPARC or RELION import and reextraction are provided in README.txt.

Files:

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2. Static Masks used for Focused Local Refinement

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.023, 1.023)

Details:

Static Masks used for Focused Local Refinement EMDB: 47928 PDB: 9ecz (focused refinement)

Files:

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[2026-07-22]

341件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-22付）