EMPIAR-13642 - Cryo-EM single particle micrographs of hypomethylated 80S ribosomes [multiple data sets in EER and TIFF formats]

EMPIAR-13642

Cryo-EM single particle micrographs of hypomethylated 80S ribosomes [multiple data sets in EER and TIFF formats]

Publication:

2'-O-Methylation maintains ribosome structural and translation integrity

Zhao Y, Rai J, Cohen LN, Shu Y, Xu C, Goswami H, Chen X, Jin H, Marchand V, Motorin Y, Ghalei H, Li H

Molecular cell 86 (2026) 1495-1510.e7

PMID: 41928510

DOI: 10.1016/j.molcel.2026.03.008

Related EMDB entry:

EMD-71745 EMD-41001 EMD-40990 EMD-40997 EMD-40998 EMD-40999 EMD-41000 EMD-40992 EMD-41002 EMD-40993

Deposited:

2024-03-01

Released:

2026-06-25

Last modified:

2026-06-25

Imageset size:

24.15 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13642

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. unaligned multi-frame micrographs of yeast hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

9063

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.365, 0.365)

Details:

This dataset was collected on Falcon 4 camera in EER mode using Leginon, with a super-resolution pixel size of 0.365 and a total dose of 55.20 e–/Å2. The authors used EER fractionation of 32 and dose per frame of 0.82 with a binning factor 2 for motion correction.

Files:

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2. unaligned multi-frame micrographs of yeast nutrient limiting hypomethylated 80S ribosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

10148

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.53, 0.53)

Details:

This dataset was collected on K3 camera at 81k magnification using EPU, with a super-resolution pixel size of 0.53 and a total dose of 60 e–/Å2 spreading over 60 frames. Gain file is also provided. Gain orientation in Relion: no rotation, Flip upside-down; in cryosparc: no rotation, no flip.

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3. unaligned multi-frame micrographs of yeast hypomethylated polysomes at 81K magnification

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7659

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.53, 0.53)

Details:

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4. unaligned multi-frame micrographs of yeast hypomethylated polysomes at 105K magnification

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5585

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.415, 0.415)

Details:

This dataset was collected on K3 camera at 81k magnification using EPU, with a super-resolution pixel size of 0.415 and a total dose of 60 e–/Å2 spreading over 60 frames. Gain file is also provided. Gain orientation in Relion: no rotation, Flip upside-down; in cryosparc: no rotation, no flip.

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5. unaligned multi-frame micrographs of yeast hypomethylated 80S ribosome bound with TSV-IRES, eEF2, sodarin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7369

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.53, 0.53)

Details:

This dataset was collected on K3 camera at 81k magnification using serialEM, with a super-resolution pixel size of 0.53 and a total dose of 60 e–/Å2 spreading over 60 frames. Gain file is also provided.

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[2026-06-24]

379件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-24付）