EMPIAR-13387 - Electron tomography reveals perturbed inter-organellar relationship in PbSFA mutants [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-13387

Electron tomography reveals perturbed inter-organellar relationship in PbSFA mutants [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Essential connection between nucleus and apical pole maintains fidelity during Plasmodium progeny formation across the vertebrate and mosquito hosts

He B

The EMBO Journal (---)

Related EMDB entry:

Deposited:

2026-03-19

Released:

2026-06-23

Last modified:

2026-06-23

Imageset size:

27.23 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13387

Experimental metadata:

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Contains:

reconstructed volumes

Image Sets

1. Electron tomograms of WT budding sporozoites at initiation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 384)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.9058, 1.9058)

Details:

The tomogram used to generate figure8A was named Tomo_WT_Initiation, the tilt series was recorded at 11500X, resulted in a pixel size of 0.953 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 1.9058 nm.
Image size 2986 x 3068 pixels, 384 sections
The segmentation was named Segmentation_WT_initiation

Files:

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2. Electron tomograms of WT budding sporozoites at elongation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 645)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.9058, 1.9058)

Details:

The tomogram used to generate figure8B was named Tomo_WT_elongation, the tilt series was recorded at 11500X, resulted in a pixel size of 0.953 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 1.9058 nm.
Image size 3076 x 3452, 645 sections
The segmentation was named Segmentation_WT_elongation

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3. Electron tomograms of SFA1KO budding sporozoites at initiation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 357)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.9058, 1.9058)

Details:

The tomogram used to generate figure8C was named Tomo_SFA1KO_initiation, the tilt series was recorded at 11500X, resulted in a pixel size of 0.953 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 1.9058 nm.
Image size 2687 x 2330, 357 sections.
The segmentation was named Segmentation_SFA1KO_initiation

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4. Electron tomograms of SFA1KO budding sporozoites at elongation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 899)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.9058, 1.9058)

Details:

The tomogram used to generate figure8D was named Tomo_SFA1KO_elongation, the tilt series was recorded at 11500X, resulted in a pixel size of 0.953 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 1.9058 nm.
Image size 2826 x 2811, 899 sections.
The segmentation was named Segmentation_SFA1KO_elongation, and was drawn on the further binned tomogram Tomo_SFA1KO_elongation_bin with pixel size of 3.8116 nm

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5. Electron tomograms of SFA2KO budding sporozoites at initiation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 342)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.9058, 1.9058)

Details:

The tomogram used to generate figure8E was named Tomo_SFA2KO_initiation, the tilt series was recorded at 11500X, resulted in a pixel size of 0.953 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 1.9058 nm.
Image size 2257 x 2251, 342 sections.
The segmentation was named Segmentation_SFA2KO_initiation, and was drawn on a older version of tomogram Tomo_SFA2KO_initiation_old, the quality of which was not ideal. This one was uploaded only to help visualize the segmentation

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6. Electron tomograms of SFA2KO budding sporozoites at elongation stage

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, 780)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.236, 2.236)

Details:

The tomogram used to generate figure8F was named Tomo_SFA2KO_elongation, the tilt series was recorded at 9600X, resulted in a pixel size of 1.12 nm. The tomogram was binned by 2 for processing so the pixel size is 2.236 nm.
Image size 2674 x 2679, 780 sections.
The segmentation was named Segmentation_SFA2KO_elongation

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Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

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Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-06-24]

379件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-24付）