EMPIAR-13364 - Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-13364

Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Cryo-EM structure of the tissue factor/factor VIIa complex with a factor X mimetic reveals a novel allosteric mechanism

Sedzro JC, Photenhauer AL, Birkle F, Meze K, Mortenson A, Duckworth C, Wen PC, Kearns S, Cianfrocco MA, Tajkhorshid E, Ohi MD, Morrissey JH

Blood 146 (2025) 2833-2842

PMID: 40811856

DOI: 10.1182/blood.2025029430

Related EMDB entry:

EMD-71090 EMD-71095 EMD-71093

Deposited:

2025-07-30

Released:

2026-04-09

Last modified:

2026-04-09

Imageset size:

1.78 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13364

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned image stacks of nanodisc-embedded human tissue factor in complex with factor VIIa and XK1, a factor X mimetic, and 10H10 Fab

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7132

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.834, 0.834)

Details:

Unaligned micrographs in TIF format. Total accumulated dose of 50.2 electrons per square angstrom. Nominal magnification of 105,000kx corresponds to pixel spacing of 0.834 Angstrom per pixel.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Gain reference for unaligned image stacks of nanodisc-embedded human tissue factor in complex with factor VIIa and XK1, a factor X mimetic, and 10H10 Fab

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.834, 0.834)

Details:

Gain reference in .mrc format

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)