EMPIAR-13274 - Single-particle Cryo Electron Microscopy of Human Cytomegalovirus Protease Bound to an Inhibitory Antibody Fragment [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-13274

Single-particle Cryo Electron Microscopy of Human Cytomegalovirus Protease Bound to an Inhibitory Antibody Fragment [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

Antibody Reveals Conformational Latch Controlling Herpesvirus Proteases

Zimanyi M, Hulce KR, Bohn M, Norman J, Rohweder PJ, Cheng Y, Craik CS, Detomasi TC

bioRxiv (---)

DOI: 10.1101/2025.10.17.683123

Related EMDB entry:

EMD-72659 EMD-72660 EMD-72658

Deposited:

2026-01-28

Released:

2026-07-12

Last modified:

2026-07-12

Imageset size:

7.39 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13274

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of human cytomegalovirus protease in complex with an inhibitory antibody fragment

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

16378

Image size:

(None, None)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.743, 0.743)

Details:

There are movies from 2 different grids in this dataset that were collected in a single krios session. In MZJ_1, the grids are Quantifoil 1.2/1.3 400 mesh copper foil grids, and MZJ_3 are UltrAUfoil 1.2/1.3 300 mesh grids. The MZJ_3 dataset tends to yield better particles, and our final reconstructions were comprised of about 80 percent particles from MZJ_3.

Files:

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2. Unclassified particles of human cytomegalovirus protease bound to an inhibitory antibody fragment

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1455383

Image size:

(None, None)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

All particles used in final reconstructions. Upon classification, at least 3 poses of the protease relative to the Fab can be resolved.

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Citations

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CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

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Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

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CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-07-08]

260件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-08付）