EMPIAR-13270 - Cryo electron tomography data presented in Multi-scale Molecular Imaging of Human Cells reveals COPI and COPII Vesicles at ER Exit Sites [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-13270

Cryo electron tomography data presented in Multi-scale Molecular Imaging of Human Cells reveals COPI and COPII Vesicles at ER Exit Sites [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Multi-scale Molecular Imaging of Human Cells reveals COPI and COPII Vesicles at ER Exit Sites

Downes K, Flood J, Nans A, Van der Verren S, Audhya A, Zanetti G

bioRxiv (2025)

DOI: 10.1101/2025.07.29.667472

Related EMDB entry:

EMD-56606

Deposited:

2025-10-21

Released:

2026-04-20

Last modified:

2026-04-20

Imageset size:

637.74 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13270

Experimental metadata:

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Contains:

reconstructed volumes
micrographs - multiframe
tilt series

Image Sets

1. Denoised tomograms containing COPII

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(896, 896)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(10.0, 10.0)

Details:

The 63 tilt series containing regions of interest were processed following the WarpTools pipeline, including motion correction, CTF and defocus handedness estimation (https://warpem.github.io/warp/). Tilt series were aligned using the WarpTools etomo patch tracking wrapper. Bad tilts were manually removed, and poorly aligned tilt series were manually improved with etomo. CTF-corrected tomograms were reconstructed at a pixel size of 10 Å and used to pick ribosomes for further improvement of alignments with Warp/M. Cryocare was used to denoise the tomograms.

Files:

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2. Raw frames for the COPII containing tomograms

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.24, 2.24)

Details:

Raw frames of the 63 COPII containing tilt series. Each tilt series contains 42 tilts. Also included is the star file for the ribosome picking which yielded a 15A ribosome map that was further used to improve tilt series alignments for tomogram reconstruction via the Warp/M pipeline.

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3. mdocs

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(2.24, 2.24)

Details:

mdocs for the 63 COPII containing tomograms.

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