EMPIAR-13079 - Cryo-electron microscopy of LetAB from Escherichia coli [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-13079

Cryo-electron microscopy of LetAB from Escherichia coli [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

LetA defines a structurally distinct transporter family

Santarossa CC, Li Y, Yousef S, Hasdemir HS, Rodriguez CC, Haase MAB, Baek M, Coudray N, Pavek JG, Focke KN, Silverberg AL, Bautista C, Yeh JT, Marty MT, Baker D, Tajkhorshid E, Ekiert DC, Bhabha G

Nature (2026)

PMID: 41565823

DOI: 10.1038/s41586-025-09990-0

Related EMDB entry:

EMD-49152 EMD-49151 EMD-49149 EMD-49150

Deposited:

2025-10-26

Released:

2025-11-20

Last modified:

2026-02-02

Imageset size:

6.23 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13079

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli LetAB

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5372

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.5413, 0.5413)

Details:

TIFF files correspond to raw movie frames collected at no tilt with a total electron dose of 51 e–/Å^2 over a 2 second exposure time. Frames were collected in Leginon using super-resolution mode (super-resolution pixel size of 0.5413 Å/pix).

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned, tilted (-30 degree) multi-frame micrographs of E. coli LetAB

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7083

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.5413, 0.5413)

Details:

TIFF files correspond to raw movie frames collected at a -30 degree tilt with a total electron dose of 51 e–/Å^2 over a 2 second exposure time. Frames were collected in Leginon using super-resolution mode (super-resolution pixel size of 0.5413 Å/pix).

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)