EMPIAR-12601 - Cryo-EM structure of S.cerevisiae CHD1[L886G/L889G/L891G]-80N0/+1bp nucleosome complex [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

EMPIAR-12601

Cryo-EM structure of S.cerevisiae CHD1[L886G/L889G/L891G]-80N0/+1bp nucleosome complex [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

Publication:

A Competitive Regulatory Mechanism of the Chd1 Remodeler is Integral to Distorting Nucleosomal DNA

Nodelman IM, Folkwein HJ, Glime WS, Glime WS, Armache JP

(---)

DOI: 10.1038/s41594-025-01556-y

Related EMDB entry:

EMD-49061 EMD-49063 EMD-49064 EMD-49060 EMD-49062

Deposited:

2024-08-13

Released:

2026-05-31

Last modified:

2026-05-31

Imageset size:

8.45 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12601

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

17624

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.5252, 0.5252)

Details:

The images were collected as movies in Super-Resolution mode at nominal magnification of 81,000x with a physical pixel size of 1.0504 Å (super resolution of 0.5252 Å), resulting in 17,624 images, each fractionated into 40 frames accumulating 50 e- per Å2 (0.0825 s per frame, 1.25 e- per Å per frame) total dose.

Files:

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2. Optimized particles polished using "Bayesian Polishing" in Relion

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

17428

Image size:

(320, 320)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.0504, 1.0504)

Details:

Particle positions in star files. Stacks in mrcs files.

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Citations

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Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

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Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

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Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）