EMPIAR-12567 - Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

EMPIAR-12567

Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

Publication:

Structural and functional interrelationships of histone H2A and its variants H2A.Z and H2A.W in Arabidopsis

Wang Y

(---)

DOI: 10.1016/j.str.2025.04.015

Related EMDB entry:

EMD-62036 EMD-62035

Deposited:

2025-02-14

Released:

2026-07-21

Last modified:

2026-07-21

Imageset size:

638.11 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12567

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1112

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

---

Files:

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2. Gain reference for cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

This gain reference doesn't need rotation and flipping.

Files:

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3. Particles for cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

990

Image size:

(256, 256)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

The folder cryosparc/J20 is "Imported particles" of CryoSPARC-v4.3.1, and the particles is imported from "Particle extraction" of relion-v3.1.3.
The folder cryosparc/J93 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C1 symmetry is at a resolution of 3.34 angstrom.
The folder cryosparc/J133 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C2 symmetry is at a resolution of 3.15 angstrom.

Files:

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[2026-07-22]

341件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-22付）