EMPIAR-11450 - Cryo electron tomography of Cytochalasin D-induced protrusions of Drosophila S2 cells - Datasets 1 - 4 [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-11450

Cryo electron tomography of Cytochalasin D-induced protrusions of Drosophila S2 cells - Datasets 1 - 4 [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

CryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen

Ventura Santos C, Rogers SL, Carter AP

bioRxiv (2023)

DOI: 10.1101/2023.03.31.535077

Related EMDB entry:

EMD-16693 EMD-16685

Deposited:

2023-02-10

Released:

2023-07-10

Last modified:

2023-07-10

Imageset size:

445.99 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11450

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
reconstructed volumes

Image Sets

1. Dataset 1: Raw multi-frame tilt images of Cytochalasin D induced protrusions of Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 1. Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of Drosophila S2 cells induced with 2.5 uM Cytochalasin D for 4 hours. The gain reference and defects files are provided within the folder. The pixel size is 2.952 Å/pixel. Data was collected on a K2 summit. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc folder.

Files:

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2. Dataset 1: Binned, deconvolved tomograms of induced Drosophila S2 cell protrusions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1124, 1124)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.808, 11.808)

Details:

Dataset 1: Tomograms binned by 4 (11.808 Å/pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.

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3. Dataset 2: Raw multi-frame tilt images of Cytochalasin D induced protrusions of Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 2. Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of Drosophila S2 cells induced with 2.5 uM Cytochalasin D for 4 hours. The gain reference and defects files are provided within the folder. The pixel size is 2.952 Å/pixel. Data was collected on a K2 summit. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc folder.

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4. Dataset 2: Binned, deconvolved tomograms of induced Drosophila S2 cell protrusions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.808, 11.808)

Details:

Dataset 2: Tomograms binned by 4 (11.808 Å/pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.

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5. Dataset 3: Raw multi-frame tilt images of Cytochalasin D induced protrusions of Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 3. Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of Drosophila S2 cells induced with 2.5 uM Cytochalasin D for 4 hours. The gain reference and defects files are provided within the folder. The pixel size is 2.952 Å/pixel. Data was collected on a K2 summit. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc folder.

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6. Dataset 3: Binned, deconvolved tomograms of induced Drosophila S2 cell protrusions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.808, 11.808)

Details:

Dataset 3: Tomograms binned by 4 (11.808 Å/pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.

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7. Dataset 4: Raw multi-frame tilt images of Cytochalasin D induced protrusions of Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 4. Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of Drosophila S2 cells induced with 5 uM Cytochalasin D for 4 hours. The gain reference and defects files are provided within the folder. The pixel size is 2.952 Å/pixel. Data was collected on a K2 summit. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc folder.

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8. Dataset 4: Binned, deconvolved tomograms of induced Drosophila S2 cell protrusions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.808, 11.808)

Details:

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Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）