EMPIAR-11431 - Cryo-EM micrographs of full-length human BIRC6 dimer with a bound DIABLO (SMAC) homodimer [multiple data sets in EER format]

EMPIAR-11431

Cryo-EM micrographs of full-length human BIRC6 dimer with a bound DIABLO (SMAC) homodimer [multiple data sets in EER format]

Publication:

Structural basis of how the BIRC6/SMAC complex regulates apoptosis and autophagy

Ehrmann JF, Grabarczyk DB, Heinke M, Deszcz L, Kurzbauer R, Hudecz O, Shulkina A, Gogova R, Meinhart A, Versteeg GA, Clausen T

bioRxiv (2022)

DOI: 10.1101/2022.08.30.505823

Related EMDB entry:

EMD-15675

Deposited:

2022-10-30

Released:

2023-02-27

Last modified:

2023-02-27

Imageset size:

24.21 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11431

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. raw eer files as generated by the Falcon4 camera, first collection

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

15502

Image size:

(16384, 16384)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.355, 0.355)

Details:

Krios / Falcon 4. Collected as EER. Total dose 41e/A2. Pixel size given is for the 4x superresolution EER file, as-is. Pixel size for detector image dimensions (4096x4096) is 1.42 Angstroms.
Gain corr file in data/set1/
Particles star file contains combined particles from all datasets.

Files:

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2. raw eer files as generated by the Falcon4 camera, second collection

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

20150

Image size:

(16384, 16384)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.355, 0.355)

Details:

Krios / Falcon 4. Collected as EER. Total dose 41e/A2. Pixel size given is for the 4x superresolution EER file, as-is. Pixel size for detector image dimensions (4096x4096) is 1.42 Angstroms.
Gain corr file in data/set2/
Particles star file contains combined particles from all datasets.

Files:

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3. raw eer files as generated by the Falcon4 camera, third collection

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

27815

Image size:

(16384, 16384)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.355, 0.355)

Details:

Krios / Falcon 4. Collected as EER. Total dose 41e/A2. Pixel size given is for the 4x superresolution EER file, as-is. Pixel size for detector image dimensions (4096x4096) is 1.42 Angstroms.
Gain corr file in data/set3/
Particles star file contains combined particles from all datasets.

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Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

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He L, Bartesaghi A. (2026)

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Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

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[2026-06-10]

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