EMPIAR-11058 - In situ cryo-electron tomography of T. kivui cells [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

EMPIAR-11058

In situ cryo-electron tomography of T. kivui cells [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

Publication:

Membrane-anchored HDCR nanowires drive hydrogen-powered CO₂ fixation

Dietrich HM, Righetto RD, Kumar A, Wietrzynski W, Trischler R, Schuller SK, Wagner J, Schwarz FM, Engel BD, Müller V, Schuller JM

Nature 607 (2022) 823-830

PMID: 35859174

DOI: 10.1038/s41586-022-04971-z

Related EMDB entry:

EMD-15053

Deposited:

2022-05-29

Released:

2022-07-12

Last modified:

2022-07-29

Imageset size:

373.37 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11058

Experimental metadata:

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Contains:

subtomograms
reconstructed volumes
tilt series
micrographs - multiframe

Image Sets

1. Subtomograms of HDCR filament particles at bin2

Category:

subtomograms

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

6727

Image size:

(96, 96)

Pixel type:

SIGNED BYTE

Pixel spacing:

(7.04, 7.04)

Details:

Particle coordinates and final orientations are given in file hdcr_tm_bin2_motl_12.star in STOPGAP format.

Files:

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2. Subtomograms of T. kivui ribosome particles at bin1

Category:

subtomograms

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

25141

Image size:

(180, 180)

Pixel type:

SIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

Particle coordinates and final orientations are given in file ribo_tm_bin1_motl_12.star in STOPGAP format.

Files:

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3. Denoised tomograms of T. kivui FIB-milled cells at bin4

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(928, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(14.08, 14.08)

Details:

Tomograms were denoised with CRYO-CARE using reconstructions from odd and even frames.

Files:

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4. Tilt series of T. kivui FIB-milled cells - session 2020-10-22

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3712, 3712)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

Tilt series as MRC stacks containing motion-corrected and averaged frames for each tilt. Associated .mdoc files contain the metadata associated with data collection. Corresponding imod/ directory contains IMOD metadata for reconstruction.

Files:

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5. Tilt series of T. kivui FIB-milled cells - session 2021-02-12

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3712, 3712)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

Files:

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6. Unaligned raw frames of T. kivui FIB-milled cells tilt series - session 2020-10-22

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1030

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

File names follow the pattern ___.tif
Gain reference (DM4): CountRef_000_-10.0_Oct22_10.57.24.dm4
Gain reference (MRC): CountRef_000_-10.0_Oct22_10.57.24.mrc
Defects list: defects_000_-10.0_Oct22_10.57.24.txt

Files:

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7. Unaligned raw frames of T. kivui FIB-milled cells tilt series - session 2021-02-12

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1057

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

File names follow the pattern ___.tif
Gain reference (DM4): CountRef_2021-01-12_10.54.03_tomo_01_000_-10.0.dm4
Gain reference (MRC): CountRef_2021-01-12_10.54.03_tomo_01_000_-10.0.mrc
Defects list: defects_tomo_001_026_36.0_Jan11_12.51.02.txt

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CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

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CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

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Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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[2026-06-24]

379件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-24付）