EMPIAR-10028 - Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-10028

Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Cryo-EM structure of the Plasmodium falciparum 80S ribosome bound to the anti-protozoan drug emetine

Wong W, Bai XC, Brown A, Fernandez IS, Hanssen E, Condron M, Tan YH, Baum J, Scheres SH

eLife 3 (2014)

PMID: 24913268

DOI: 10.7554/elife.03080

Related EMDB entry:

EMD-2660

Deposited:

2015-05-29

Released:

2015-06-17

Last modified:

2023-03-28

Imageset size:

1.17 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-10028

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - multiframe - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1081

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.34, 1.34)

Details:

Micrographs are split into two sub-directories: Micrographs_part1 and Micrographs_part2. Each of these directories contains BOTH the unaligned frames (xxx_movie.mrcs) and the frame-averaged micrographs (600.mrc). These directories also contain the ctffind3 log files and the autopick star files.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Frame averaged micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1081

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.34, 1.34)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Processed shiny particles

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

105247

Image size:

(360, 360)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.34, 1.34)

Details:

Particle images are organized in two sub-directories - MRC_0601 and MRC_1901. Particle images are in MRCS image stacks - one each corresponding to the micrograph from which they were picked. The text file shiny_2sets.star describes the picking of the particles from the micrographs.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-12-25]

203件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-12-25付）

[2024-11-28]

[wwPDB] PDBアーカイブからSDF/MOL形式のCCDファイルをご利用頂けます

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します