EMPIAR-PDBj - Workshop

Documents and data for EMPIAR workshop

EMPIARに保存されている2次元画像データを解析するには、多くの場合、大きな計算コストと単一粒子解析に関する詳細な知識が必要です。そこで、単粒子解析の初心者のために、PDBj主催のチュートリアル資料とワークショップで使用したデータを公開します。

Innexin-6 from EMPIAR-10291

JEOL JEM-3000SFF (G3) で収集したEMPIAR-10291として保存されている画像は、膜タンパク質 innexin-6 の高解像度（3.6 angstrom）立体密度マップを提供します。このデータセットには、300枚のモーションコントロールされた静止画（15.9GB）が含まれています。計算コスト削減のため、100枚の顕微鏡写真と50枚の顕微鏡写真のデータセットも用意しました。両データセットとも、3.96Åという極めて高い分解能のマップを得ることができました。なお、解析にあたり、原著者である大嶋篤典先生からご助言をいただきました。

	EMPIAR-10291	EMPIAR-10291_100mic	EMPIAR-10291_50mic
Filesize	15.9 GB	5.4 GB	2.7 GB
Images	300 micrographs	100 micrographs	50 micrographs
3Dmap	EMD-9973
Resolution	3.6 angstrom	3.96 angstrom	3.96 angstrom

オリジナルの EMPIAR-10291（15.9GB）には、3710×3838×1（#MRC_MODE 2 "32-bit signed real"）のmrcファイルが300個収録されています。

Execute "CTFfind" by Relion 3.1 (CTFFIND-4.1).
Check CtfFind/*/micrographs_ctf.star

まず、_rlnCtfFigureOfMerit #8 と _rlnCtfMaxResolution #9 の分布を確認し、シングルピークの分布であることを確認しました。そこで、MaxResolution のみで良い顕微鏡写真を選択することにしました。

このチュートリアルデータを使って、2つのワークショップを開催しました。

Apo-ferritin from EMPIAR-10248

日本電子の CRYO ARM 300 で収集したEMPIAR-10248として保存されている画像は、apo ferritin の非常に高い分解能（1.54 Å）の3次元密度マップを提供します。しかし、このデータセット（145.9 GByte）は解析に膨大な計算量を必要とするため、教育用のワークショップや演習には向いていません。そこで、教育用に 1.7 GByte に縮小したデータセットを提供します。

	EMPIAR-10248	EMPIAR-10148_tutorial
Filesize	145.9 GB	1.7GB
Movies	50 frames x 971 files	25 frames x 20 files
3D map	EMD-9865
Resolution	1.54 angstrom	2.84 angstrom
Computational time	More than 1 week using 4GPUs	1.5 hour using 2GPUs

Procedure to reduce image data

For the 971 TIFF files in EMPIAR-10248, we executed MotionCorr and CTFfind using Realion 3.0.
Among the TIFF fiels of EMPIAR-10248 with _rlnCtfFigureOfMerit > 0.1, the 20 TIFF files with the best _rlnCtfMaxResolution have been taken.
Each TIFF file has 50 frames. We took only first 25 frames.