JEOL JEM-3000SFF (G3) で収集したEMPIAR-10291として保存されている画像は、膜タンパク質 innexin-6 の高解像度（3.6 angstrom）立体密度マップを提供します。 このデータセットには、300枚のモーションコントロールされた静止画（15.9GB）が含まれています。 計算コスト削減のため、100枚の顕微鏡写真と50枚の顕微鏡写真のデータセットも用意しました。 両データセットとも、3.96Åという極めて高い分解能のマップを得ることができました。 なお、解析にあたり、原著者である大嶋篤典先生からご助言をいただきました。

• ftp directory of EMPIAR-10291_tutorial
• EMPIAR-10291_100mic.tar (5.4 GB)
• EMPIAR-10291_50mic.tar (2.7 GB)
• EMPIAR-10291_100mic_precalculated_results.tar (for Relion 3.1;14 GB)
• EMPIAR-10291_50mic_precalculated_results.tar (for Relion 3.1; 8.5 GB)
• Relion 3.1 tutorial document for preprocessing (in Japanese)
• Relion 3.1 tutorial for 2D_3D_classification (in Japanese)
• cryoSPARC 3.2.0 tutorial for INX-6_50mic
• cryoSPARC 3.2.0 results data for INX-6 50mic(cryoSPARC_INX-6_results_202106.zip;67 MB)
• Tutorial data for atomic modeling by Coot(EM_koushuukai.zip; 53 MB)

オリジナルの EMPIAR-10291（15.9GB）には、3710×3838×1（#MRC_MODE 2 "32-bit signed real"）のmrcファイルが300個収録されています。

1. Execute "CTFfind" by Relion 3.1 (CTFFIND-4.1).
2. Check CtfFind/*/micrographs_ctf.star

まず、_rlnCtfFigureOfMerit #8 と _rlnCtfMaxResolution #9 の分布を確認し、シングルピークの分布であることを確認しました。 そこで、MaxResolution のみで良い顕微鏡写真を選択することにしました。

このチュートリアルデータを使って、2つのワークショップを開催しました。

• CiCLE workshop (2021/01/18-19) using Relion 3.1
• CiCLE workshop (2021/06/24-25) using cryoSPARC 3.2.0

日本電子の CRYO ARM 300 で収集したEMPIAR-10248として保存されている画像は、apo ferritin の非常に高い分解能（1.54 Å）の3次元密度マップを提供します。 しかし、このデータセット（145.9 GByte）は解析に膨大な計算量を必要とするため、教育用のワークショップや演習には向いていません。 そこで、教育用に 1.7 GByte に縮小したデータセットを提供します。

• ftp directory of EMPIAR-10148_tutorial
• EMPIAR-10248_20movies.tar (1.7GB)
• EMPIAR-10248_20movies_precalculated_results.tar (12 GB)
• Tutorial document for preprocessing (in Japanese)
• Tutorial document for 2D_3D classification (in Japanese)

Procedure to reduce image data

1. For the 971 TIFF files in EMPIAR-10248, we executed MotionCorr and CTFfind using Realion 3.0.
2. Among the TIFF fiels of EMPIAR-10248 with _rlnCtfFigureOfMerit > 0.1, the 20 TIFF files with the best _rlnCtfMaxResolution have been taken.
3. Each TIFF file has 50 frames. We took only first 25 frames.