Electron Microscopy Public Image Archive
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単粒子実験、電子線トモグラフィー実験、電子線回折実験からの最終的な3次元再構成をEMDBに提供することができます。 EMDBに登録された画像データ（顕微鏡写真、粒子スタック、チルトシリーズなど）は、EMPIARに登録することができます。 EMPIARは、以下の実験手法もサポートしています（画像データおよび最終的な再構成が可能な場合はそれを使用）。
これらの実験的手法では、データセットが出版物に直接関連するものであるか、あるいはベンチマークデータなどコミュニティの取り組みの一部であることが要求されます。
~/.aspera/connect/bin ディレクトリに、Macでは ~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources ディレクトリにデフォルトでインストールされています。
ascpプログラムはこのディレクトリにあります。
$ ascp -T -k3 -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -P 33001 -d emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/10009 ~/path_to/
$ rsync -avP rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive/10009 ./
$ ftp -p anonymous@empiar.pdbj.org
ftp> cd pub/empiar/archive/10009/data
250 Directory successfully changed.
ftp> mget *
ORCID iDは、預託の過程で提供されたすべての著者のエントリーページに表示されます。 これにより、Europe PMC検索や著者のORCIDプロファイルページから直接、著者の論文リストに素早く簡単にアクセスすることができます。
EMPIARはこの度、ORCIDを預託システムに統合しました。 ユーザーは、ORCIDアカウントを使用してシステムにサインインすることができます。 これにより、ORCID iD、姓名、電子メールなどのユーザープロファイルのフィールドが自動的に入力されます。
EMPIARでは、クライオ電顕、クライオ電子線トモグラフィー、各種 Volume EM、X線顕微鏡、相関イメージング研究など、様々なイメージングモダリティのデータを受け付けています。 クライオ電顕・クライオ電子線トモグラフィーの場合、EMPIARへのデータの預け入れは「生」の状態で行うことを推奨します（例：単一粒子研究、アラインメントされていないマルチフレーム顕微鏡写真）。 これにより、例えば、検証、手法開発、教育、コミュニティの課題などのために、データの再利用や再処理が幅広く可能になります。 また、下流の中間ファイル（例：運動補正された顕微鏡写真、粒子座標、粒子スタック、オイラー角とアライメントを割り当てた粒子スターファイル）を提供することも、EMワークフローの特定のステップに関心を持つユーザーを支援するために推奨されます。
可能な限り多く提供することが理想的です。例えば:メタデータに関しては、EMPIARの預託フォームには、すでに画像数、画像あたりのフレーム数、画像フォーマット、サイズ、ピクセル間隔、型に関する情報を収集します。 さらに、例えば、Cs、フレームあたりの電子線量、gain-reference orientation など、再処理に不可欠なパラメータに関する情報は、「詳細」フィールドで提供することが可能です。 さらに、Scipion のワークフロー（将来的には他のパッケージのワークフローも）を投稿の一部としてアップロードすることができます。
データおよびファイルの種類、フォーマット、拡張子を含む EMPIAR の要求事項の全リストは、オンラインで入手できます。 EMPIARのポリシーと処理手順については こちらを参照ください。 EMPIARのデポジションプロセスに関するガイダンスについては、デポジションマニュアルを参照してください。
注: Cryo以外のデータについては、別の要件と推奨事項があります。
Submit ボタンを押すと、EMPIAR アノテーションチームによるレビューのために預託が送信されます。 チームは問題点について預託者と連絡を取り、補足的な詳細やデータが必要な場合は、預託を解除することができます。 この作業が完了すると、預託者に EMPIAR アノテーションチームによるキュレーションの承認依頼が送信されます。 預託者の承認を受けると、預託者が提供した指示に従い、エントリーは公開フェーズに移行します。 公開までにかかる時間は、エントリーのサイズ、ファイル数、EMBL-EBI リソースの現在の負荷、アノテーションスタッフの稼働率に依存します。 エントリーが公開されると、預託者に電子メールで通知されます。
はい。EMPIARのエントリーページでは、Aspera、http によるtarballのダウンロード、ftpによる個別ファイルのダウンロードの3つのオプションが用意されています。 EMPIAR のエントリーページのファイルブラウザでは、Aspera または http でダウンロードするファイルやサブディレクトリを選択することができます。 Aspera は推奨オプションで、あらゆるサイズのダウンロードに使用できます。 ダウンロードは、選択されたファイルとディレクトリのそのままの構造であり、アーカイブ（tar-ball）ではないことに注意してください！ http ダウンロードオプションは、Aspera を作成します。http download オプションは、ダウンロード可能な tarball を作成します。 このオプションは、1.5GB 未満の tarball に対してのみ機能します。Ftp を使って個々のファイル（サブディレクトリは不可）をダウンロードすることもできます（"Browse Ftp "を選択します）。
はい。データをダウンロードするには、エンドポイントを使用します。
EMBL-EBIのパブリックエンドポイントとディレクトリを共有します。/gridftp/empiar/world_availability/
Globusを使ったデータのアップロード方法については、預託マニュアルをご覧ください。
EMPIARスキーマについて説明はここを参照してください。 empiar.xsd の XMLスキーマファイルと empiar.sch の Schematron 形式の追加要求から構成されています。
hx-gridftp-*.ebi.ac.ukのアドレスがホワイトリストに登録されていることを確認する私たちのウェブ転送インターフェースでは、目標レートを 200,000 Kbps に設定し、ポリシーを adaptive に設定しています。 上記コマンドラインも同様に表示されています。万が一、データ転送に問題がある場合は、ターゲットレートを下げるとよいかもしれません。
そのために、コマンドライン転送を利用し、'-l' パラメータの値を変更してください。$ ascp -T -k3 -l 10M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -P 33001 -d emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/test ~/
問題が解決しない場合は、ご連絡ください。 可能であれば、Aspera logs を提供してください。
