EMPIAR-13905 - Cryo-EM datasets of human Argonaute2 pre-RISC and mature RISC-target, PDB 9YM9, 9YMA, 9YMB, 9YMC, 9YMD, and 10BE [multiple data sets in TIFF and EER formats]

EMPIAR-13905

Cryo-EM datasets of human Argonaute2 pre-RISC and mature RISC-target, PDB 9YM9, 9YMA, 9YMB, 9YMC, 9YMD, and 10BE [multiple data sets in TIFF and EER formats]

Publication:

Structural basis for RISC assembly of human Argonaute2

Zhang H, Adhav VA, Kehling AC, Savidge A, Shen Z, Fu TM, Nakanishi K

Molecular cell 86 (2026) 2088-210500000000.0

PMID: 42190652

DOI: 10.1016/j.molcel.2026.04.029

Related EMDB entry:

EMD-73101 EMD-75039 EMD-73102 EMD-73099 EMD-73103 EMD-73100

Deposited:

2026-09-01

Released:

2026-10-07

Last modified:

2026-10-07

Imageset size:

11.85 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13905

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Human AGO2 in complex with miR-20a duplex at 4 ºC_pre-RISC dataset 1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

6164

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

#1 Raw images of pre-RISC at 4 ºC using a 300-kV Titan Krios microscope equipped with a K3 direct electron detector in super-resolution mode, with magnification of 81,000x, a pixel size of 0.426 A ̊ , a defocus range from -0.6 to -1.6 μm, and a total dose of 50 e- A ̊-2 over 50 fractions.

Files:

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2. Human AGO2 in complex with miR-20a duplex at 4 ºC_pre-RISC dataset 2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

3927

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

#2 Raw images of pre-RISC at 4 ºC using a 300-kV Titan Krios microscope equipped with a K3 direct electron detector in super-resolution mode, with magnification of 81,000x, a pixel size of 0.426 A ̊ , a defocus range from -0.6 to -1.6 μm, and a total dose of 50 e- A ̊-2 over 50 fractions.

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3. Human AGO2 in complex with miR-20a duplex at 21 ºC_pre-RISC dataset 3

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

11296

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw images of pre-RISC at 21 ºC using a 300-kV Titan Krios microscope equipped with a K3 camera in counting mode, with magnification of 105,000x, a pixel size of 0.835 A ̊ , a defocus range from -0.8 to -2.4 μm, and a total dose of 50 e- A ̊ -2 over 40 fractions.

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4. Human AGO2 in complex with 23-nt miR-20a and an 18-nt target with 2 mismatches

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

8149

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Raw images of AGO2 in complex with 23-nt miR-20a and an 18-nt target with 2 mismatches using a Titan Krios microscope equipped with a Gatan K3 camera in counting mode, with magnification of 105,000 x, a pixel size of 0.7296 A ̊ , a defocus range from -0.8 to -2.2 μm, and a total dose of 50 e- A ̊ -2 over 50 fractions.

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Protein Data Bank Japan News

[2026-10-07]

308件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-10-07付）