EMPIAR-13621 - Time-resolved cryo-EM particle stacks [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-13621

Time-resolved cryo-EM particle stacks [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Product-stabilized filamentation by human glutamine synthetase allosterically tunes metabolic activity

Greene ER, Muniz RS, Kollman JM, Fraser JS

eLife (2026)

PMID: 40631248

DOI: 10.7554/eLife.108336.1

Related EMDB entry:

EMD-70843

Deposited:

2026-03-14

Released:

2026-06-08

Last modified:

2026-06-08

Imageset size:

8.93 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13621

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

picked particles - multiframe - processed

Image Sets

1. Template picked particles from the 57s turnover dataset of human glutamine synthetase

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3224670

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Particle positions are noted in the .star file. The data are picked/extracted particle positions from 5482 micrographs. These particles were template picked and have not be aligned in 2D or 3D.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Template picked particles from the 239s turnover dataset of human glutamine synthetase

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3250902

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Particle positions are noted in the .star file. The data are picked/extracted particle positions from 5872 micrographs. These particles were template picked and have not be aligned in 2D or 3D.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Template picked particles from the 99s turnover dataset of human glutamine synthetase

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1626169

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Particle positions are noted in the .star file. The data are picked/extracted particle positions from 2947 micrographs. These particles were template picked and have not be aligned in 2D or 3D.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Template picked particles from the 122s turnover dataset of human glutamine synthetase

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

571230

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Particle positions are noted in the .star file. The data are picked/extracted particle positions from 1029 micrographs. These particles were template picked and have not be aligned in 2D or 3D.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Template picked particles from the 517s turnover dataset of human glutamine synthetase

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

687806

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Particle positions are noted in the .star file. The data are picked/extracted particle positions from 1195 micrographs. These particles were template picked and have not be aligned in 2D or 3D.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-06-03]

363件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-03付）