EMPIAR-13431 - CryoEM movies of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT. [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-13431

CryoEM movies of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT. [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

A Surfactant Cocktail Overcomes Air-Water Interface Artifacts in Single-Particle CryoEM

Enos SE, Cook BD, Rahmani H, Narehood SM, Li Y, Kuschnerus IC, Redford HT, Dukakis P, Ji D, Bachochin MJ, Grotjahn DA, Herzik MA

(---)

DOI: 10.64898/2026.03.17.712260

Related EMDB entry:

EMD-75845 EMD-75844

Deposited:

2026-03-27

Released:

2026-04-15

Last modified:

2026-04-15

Imageset size:

892.78 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13431

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

1478

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Unaligned multi-frame micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT collected on a Titan Krios G4 operating at 300 kV equipped with a Selectris-X energy filter with a 10eV slit width. All images were collected at a nominal magnification of 165,000x in EF-TEM mode (with a calibrated pixel size of 0.735 Å) on a Falcon4 direct electron detector. Micrographs were acquired in EER format with a cumulative electron exposure of 60 electrons/Å2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Aligned micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1478

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Aligned micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT collected on a Titan Krios G4 operating at 300 kV equipped with a Selectris-X energy filter with a 10eV slit width. All images were collected at a nominal magnification of 165,000x in EF-TEM mode (with a calibrated pixel size of 0.735 Å) on a Falcon4 direct electron detector. Micrographs were aligned in cryoSPARC.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Gain file required for motion correction of unaligned micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Gain file required for motion correction of unaligned micrographs of Influenza A virus Hemagglutinin (A/Darwin/6/2021 H3N2) determined using the SPT Labtech chameleon in the presence of 0.25x SurfACT.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)