EMPIAR-13360 - Single particle cryo-EM structure of the Neisseria meningitidis quinol-dependent nitric oxide reductase (NmqNOR) [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-13360

Single particle cryo-EM structure of the Neisseria meningitidis quinol-dependent nitric oxide reductase (NmqNOR) [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

Structural basis of Neisseria meningitidis quinol dependent nitric oxide reductase activation by dimerization

Gopalasingam CC, Egami H, Shigematsu H, Sakaue M, Fukumoto K, Gerle C, Yamamoto M, Shiro Y, Muramoto K, Tosha T

Communications biology 9 (2026)

PMID: 41896389

DOI: 10.1038/s42003-026-09754-0

Related EMDB entry:

EMD-60085 EMD-60086

Deposited:

2024-10-23

Released:

2026-06-17

Last modified:

2026-06-17

Imageset size:

2.99 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13360

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Single particle cryo-EM structure of the Neisseria meningitidis quinol-dependent nitric oxide reductase (NmqNOR) monomer

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

8100

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.752, 0.752)

Details:

- Cs: 2.7 mm
- HT: 300 kV
- Dose per frame: 1 e-/A2/frame (total dose 50 e-/A2 over 50 frames)
- A defect file in mrc and txt format (defects_map.mrc or defects_2022-01-20_14.36.29_0120_1_29_0000.txt) is available
- Data collected using 5x5(one exposure per hole) beam-image shift
- gain file: CountCDSRef_2022-01-22_16.49.11_DTM170uMBT3_152-1_0000.mrc

Files:

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2. 1.89 Å single particle cryo-EM structure of the Neisseria meningitidis quinol-dependent nitric oxide reductase (NmqNOR) dimer

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7525

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.752, 0.752)

Details:

- Cs: 2.7 mm
- HT: 300 kV
- Dose per frame: 1.02 e-/A2/frame (total dose 51.2 e-/A2 over 50 frames)
- Data collected using 5x5(one exposure per hole) beam-image shift
- A defect file in mrc and txt format (defects_map.mrc or defects_2022-08-18_15.04.14_WTdimer_500_6_2_193-1_0000.txt) is available
- gain file: CountCDSRef_2022-08-18_15.04.14_WTdimer_500_6_2_193-1_0000.mrc

Files:

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A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

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CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

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Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）