EMPIAR-13357 - Medium-resolution cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

EMPIAR-13357

Medium-resolution cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

Publication:

Structural and biochemical characterization of the 3'-5' tRNA splicing ligases

Chamera S, Zajko W, Czarnocki-Cieciura M, Jaciuk M, Koziej Ł, Nowak J, Wycisk K, Sroka M, Chramiec-Głąbik A, Śmietański M, Gołębiowski F, Warmiński M, Jemielity J, Glatt S, Nowotny M

The Journal of biological chemistry 301 (2025)

PMID: 40220997

DOI: 10.1016/j.jbc.2025.108506

Related EMDB entry:

EMD-50108

Deposited:

2025-09-12

Released:

2026-03-16

Last modified:

2026-03-16

Imageset size:

3.92 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13357

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame movies of Danio rerio tRNA ligase complex (full-length version)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

10703

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Gain-corrected, unaligned multi-frame movies collected with Krios G3i microscope + K3 detector (superresolution mode, binned 2x with EPU). Voltage: 300 kV; spherical aberration: 2.7; dose per frame: 1 e/A^2 (total dose: 39.41 e/A^2 fractionated over 40 frames). Defocus range (nominal): -2.1, -1.8, -1.5, -1.2, -0.9 µm. Objective aperture retracted, C2 aperture: 50 µm.

Files:

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2. Aligned particles of Danio rerio tRNA ligase complex (full-length version)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

35251

Image size:

(320, 320)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.86, 0.86)

Details:

Aligned particles with corresponding Relion-3 STAR file. Micrographs were initially binned 2x during Motion correction.

Files:

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A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

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Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）