EMPIAR-13345 - Single-particle cryo-EM structures of E. coli 70S ribosomes, WT and mutants with trapped RNA conformational ground and excited states [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-13345

Single-particle cryo-EM structures of E. coli 70S ribosomes, WT and mutants with trapped RNA conformational ground and excited states [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Universal 3D Motif dynamics in RNA: The A-minor Switch

Steinmetzger C, Karlsson H, Fontana C, Galindo Riera N, Riad M, Kosek D, Schlagnitweit J, Steiner E, Sandoz SF, Andersson ER, Petzold K

bioRxiv (2026)

DOI: 10.64898/2026.05.08.718354

Related EMDB entry:

EMD-56851 EMD-56829 EMD-56853 EMD-56091 EMD-56827 EMD-56839 EMD-56850 EMD-56852 EMD-56837 EMD-56831

Deposited:

2025-12-09

Released:

2026-05-31

Last modified:

2026-05-31

Imageset size:

16.57 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13345

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli 70S ribosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

15518

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.505, 0.505)

Details:

Movies were collected using a Titan Krios G3i microscope (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 kV equipped with a K3 BioQuantum detector (Gatan) at the Karolinska Institutet 3D-EM facility in Solna, Sweden. The data was acquired using EPU software (Thermo Fisher Scientific) with a pixel size of 0.505 Å/px (nominal magnification 165000x), electron dose of ~50 e−/Å2, 50 frames per movie, and a defocus range of −0.3 to −2.0 µm.

The movies are gain-corrected.

Files:

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2. PDB 9TMI / EMD-56070: E. coli 70S ribosome with A- and P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

73907

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Particle stack after 3D classification, reference-based motion correction, 3D variability analysis. With local + global CTF refinement and negative EWS correction.

Pixel size after calibration against PDB 4YBB is 0.7585

Files:

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3. EMD-56834: E. coli 70S ribosome with P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

97445

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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4. EMD-56835: E. coli 70S ribosome without tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

166130

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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5. PDB 9TNL / EMD-56091: E. coli 70S ribosome with A/P- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

69415

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

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6. EMD-56836: E. coli 70S ribosome with A- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

49259

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

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7. EMD-56837: E. coli 70S ribosome with P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

34872

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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8. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

18448

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.505, 0.505)

Details:

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9. PDB 9TQA / EMD-56128: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

81491

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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10. EMD-56839: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

86813

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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11. EMD-56840: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, without tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

72339

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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12. PDB 28UH / EMD-56827: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

75660

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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13. EMD-56841: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

53199

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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14. EMD-56842: E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

38095

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

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15. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

19249

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.505, 0.505)

Details:

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16. PDB 28UI / EMD-56828: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

80169

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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17. EMD-56843: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

85044

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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18. EMD-56844: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, without tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

84558

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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19. PDB 28UJ / EMD-56829: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

62030

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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20. EMD-56845: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

39381

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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21. EMD-56846: E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

36302

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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22. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5412

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.505, 0.505)

Details:

Files:

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23. PDB 28UK / EMD-56830: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

23232

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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24. EMD-56847: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

36584

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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25. EMD-56848: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, without tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

31773

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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26. PDB 28UL / EMD-56831: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

13469

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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27. EMD-56849: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

3152

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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28. EMD-56850: E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

10172

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

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29. Unaligned multi-frame micrographs of E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

6193

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.505, 0.505)

Details:

Files:

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30. PDB 28UM / EMD-56832: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

34748

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

31. EMD-56851: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with P-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

34669

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

32. EMD-56852: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, without tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

58515

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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33. PDB 28UN / EMD-56833: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

14786

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

34. EMD-56853: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A- and P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

4860

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

35. EMD-56854: E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with P/E-site tRNA

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

9271

Image size:

(576, 576)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.7575, 0.7575)

Details:

Files:

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Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

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Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）