EMPIAR-13301 - cryo electron tomography of mouse hippocampal CA1 stratum radiatum - dataset 5 [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-13301

cryo electron tomography of mouse hippocampal CA1 stratum radiatum - dataset 5 [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

A generalizable and targeted molecular biopsy approach for in situ cryogenic electron tomography of vitreous brain tissue

Glynn C, Smith JLR, Case M, Csöndör R, Katsini A, Sanita ME, Glen TS, Pennington A, Grange M

Cell reports methods 5 (2025)

PMID: 40527314

DOI: 10.1016/j.crmeth.2025.101080

Related EMDB entry:

EMD-55442

Deposited:

2026-02-10

Released:

2026-03-12

Last modified:

2026-03-12

Imageset size:

122.74 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13301

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. raw eer of tilt series

Category:

tilt series

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.98, 1.98)

Details:

22 tilt series comprised of 41 tilts with 3 degree spacing between tilts in eer format. Total dose 130e-/A^2 / tilt series for 3.17e-/A^2 / tilt. Data acquired at 64000x with 1.98A / pixel.

Files:

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2. raw .mrc of tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.98, 1.98)

Details:

22 tilt series comprised of 41 tilts with 3 degree spacing between tilts in mrc format. Total dose 130e-/A^2 / tilt series for 3.17e-/A^2 / tilt. Data acquired at 64000x with 1.98A / pixel.

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3. unfiltered bin 8 reconstructions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(15.84, 15.84)

Details:

Unfiltered nondenoised reconstructed tomograms from 22 tilt series carried out in aretomo2.

Files:

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4. isonet deconvolved bin8 tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(15.84, 15.84)

Details:

unfiltered reconstructed tomograms deconvolved (but not missing wedge corrected) in isonet, bin8. --snrfalloff 0.7 --deconvstrength 1.1.

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