EMPIAR-13289 - cryo electron tomography of mouse hippocampal CA1 stratum radiatum - dataset 1 [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-13289

cryo electron tomography of mouse hippocampal CA1 stratum radiatum - dataset 1 [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

A generalizable and targeted molecular biopsy approach for in situ cryogenic electron tomography of vitreous brain tissue

Glynn C, Smith JLR, Case M, Csöndör R, Katsini A, Sanita ME, Glen TS, Pennington A, Grange M

Cell reports methods 5 (2025)

PMID: 40527314

DOI: 10.1016/j.crmeth.2025.101080

Related EMDB entry:

EMD-55442

Deposited:

2026-02-10

Released:

2026-03-13

Last modified:

2026-03-13

Imageset size:

528.48 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13289

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. raw eer of tilt series

Category:

tilt series

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.08, 3.08)

Details:

58 tilt series comprised of 41 tilts with 3 degree spacing between tilts in eer format. Total dose 130e-/A^2 / tilt series for 3.17e-/A^2 / tilt. Data acquired at 42000x with 3.08A / pixel.

Files:

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2. raw .mrc of tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.08, 3.08)

Details:

58 tilt series comprised of 41 tilts with 3 degree spacing between tilts in mrc format. Total dose 130e-/A^2 / tilt series for 3.17e-/A^2 / tilt. Data acquired at 42000x with 3.08A / pixel.

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3. unfiltered bin 8 reconstructions

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(24.64, 24.64)

Details:

Unfiltered nondenoised reconstructed tomograms from 58 tilt series carried out in aretomo2.

Files:

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4. isonet deconvolved bin8 tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(512, 512)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(24.64, 24.64)

Details:

unfiltered reconstructed tomograms deconvolved (but not missing wedge corrected) in isonet, bin8. --snrfalloff 0.7 --deconvstrength 1.1.

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Citations

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Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

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Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

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CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

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Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）