EMPIAR-13093 - CryoEM of mycobacterial open-gate proteasome complexed with engineered bacterial enhancer binding protein (bEBP) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-13093

CryoEM of mycobacterial open-gate proteasome complexed with engineered bacterial enhancer binding protein (bEBP) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Real-time capture of σN transcription initiation intermediates reveals mechanism of ATPase-driven activation by limited unfolding

Mueller AU, Molina N, Nixon BT, Darst SA

Nature communications 16 (2025)

PMID: 40759887

DOI: 10.1038/s41467-025-61837-4

Related EMDB entry:

EMD-48574

Deposited:

2025-10-14

Released:

2025-12-05

Last modified:

2025-12-05

Imageset size:

479.42 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13093

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of an engineered bEBP-proteasome complex (0 degree tilt)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

503

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

Raw micrographs were collected on a Talos Arctica at 200kV equipped with a Gatan K2 camera. Recordings were performed in counting mode at a pixel size of 1.5 A/px with a dose rate of 8.4 electrons/px/s for an exposure time of 12 seconds in dose-fraction mode of 0.3 seconds per-frame resulting in a total of 40 frames and 1.12 electrons/A^2/frame (total dose of 44.8 electrons/A^2). Defocus range for the collection was -0.8 to -3.0 microns. The tilt angle of the specimen was 0 degrees.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned multi-frame micrographs of an engineered bEBP-proteasome complex (20 degree tilt)

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

466

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

Raw micrographs were collected on a Talos Arctica at 200kV equipped with a Gatan K2 camera. Recordings were performed in counting mode at a pixel size of 1.5 A/px with a dose rate of 9.2 electrons/px/s for an exposure time of 12 seconds in dose-fraction mode of 0.3 seconds per-frame resulting in a total of 40 frames and 1.227 electrons/A^2/frame (total dose of 49.1 electrons/A^2). Defocus range for the collection was -1 to -2.5 microns. The tilt angle of the specimen was 20 degrees.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Aligned single-frame micrographs of an engineered bEBP-proteasome complex (0 degree tilt)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

503

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

0 degree tilt data. Raw movies of were aligned using MotionCor2 (through Relion) with a binning factor of 1 and a dose of 1.12 electrons/A^2/frame. Full job output is provided in the upstream directory.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Aligned single-frame micrographs of an engineered bEBP-proteasome complex (20 degree tilt)

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

466

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

20 degree tilt data. Raw movies of were aligned using MotionCor2 (through Relion) with a binning factor of 1 and a dose of 1.227 electrons/A^2/frame. Full job output is provided in the upstream directory.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Particle images of an engineered bEBP-proteasome complex (0 degree tilt)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

308092

Image size:

(288, 288)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

0 degree tilt data. Number of frames per file is variable (0 was chosen as placeholder). Number of images indicates the total number of particle images across all files.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

6. Particle images of an engineered bEBP-proteasome complex (20 degree tilt)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

283067

Image size:

(288, 288)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.5, 1.5)

Details:

20 degree tilt data. Number of frames per file is variable (0 was chosen as placeholder). Number of images indicates the total number of particle images across all files.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）