EMPIAR-13059 - Immunological and structural evaluation of the intranasally administrated CVB1 whole-virus and VLP vaccines [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

EMPIAR-13059

Immunological and structural evaluation of the intranasally administrated CVB1 whole-virus and VLP vaccines [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

Publication:

Immunological and structural evaluation of the intranasally administrated CVB1 whole-virus and VLP vaccines

Soppela S, Plavec Z, Gröhn S, Mustonen I, Jartti M, Oikarinen S, Laajala M, Marjomäki V, Butcher SJ, Hankaniemi MM

Scientific reports 15 (2025) 10198-10198

PMID: 40133550

DOI: 10.1038/s41598-025-94656-0

Related EMDB entry:

EMD-50498 EMD-50497

Deposited:

2025-05-22

Released:

2025-12-07

Last modified:

2025-12-07

Imageset size:

1.64 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13059

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. CVB1 virus data

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

715

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.97, 0.97)

Details:

Micrographs collected at University of Helsinki CryoEM unit in Finland using a FEI Talos Arctica equipped with Falcon III detector and operating at 200 kV. 40 frames per image were collected at 150 000 * nominal magnification resulting in 0.97 Å/pixel with a total dose of 40 e−/Å2. Images were taken between − 0.1 and − 2.8 μm defocus.

Files:

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2. CVB1 VLP data

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1825

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.06, 1.06)

Details:

Micrographs collected at SciLifeLab in Sweden using a Titan Krios equipped with Gatan K3 detector and operating at 300 kV. 40 frames per image were collected at 105 000 * nominal magnification resulting in 1.06 Å/pixel with a total dose of 63.368 e−/Å2. Images were taken between − 0.4 and − 1.6 μm from focus at 0.2 μm defocus increments.

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Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

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Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

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