EMPIAR-13009 - Cryo electron tomography of wild-type Drosophila nephrocytes [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-13009

Cryo electron tomography of wild-type Drosophila nephrocytes [multiple data sets in MRC format]

Publication:

The slit diaphragm in Drosophila exhibits a bilayered, fishnet architecture

Moser D, Lang K, Birtasu AN, Grahammer F, Helmstaedter M, Scheffer MP, Hermle T, Frangakis AF

(---)

DOI: 10.1038/s41467-025-64347-5

Related EMDB entry:

EMD-53557

Deposited:

2025-08-27

Released:

2025-12-07

Last modified:

2025-12-07

Imageset size:

1.48 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-13009

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of wild-type nephrocytes displaying slit diaphragms

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

SIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.339, 1.339)

Details:

Unaligned multi-frame micrographs acquired in super-resolution mode (pixel size 1.34A), with 41-58 micrographs per tilt-series. The corresponding .mdoc files containing the metadata for each tilt-series are in the subdirecory "mdoc", following the naming tomoXX.mrc.mdoc, with XX corresponding to the tilt-series ID.

Files:

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2. Unaligned tilt-series and alignment metadata

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.679, 2.679)

Details:

Unaligned tilt-series (tomoXX.st) and IMOD's etomo alignment metadata for each tilt-series (tomoXX.xf, tomoXX.tlt). XX corresponds to the tilt-series ID.

Files:

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3. Reconstructed tomograms of wild-type nephrocytes displaying slit diaphragms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1024, 1440)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(10.72, 10.72)

Details:

Reconstructed volumes of wild-type nephrocytes displaying slit diaphragms (rec_tomoXX.mrc, XX corresponds to tilt-series IDs).

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A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

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Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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[2026-06-17]

324件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-17付）