EMPIAR-12992 - Single-particle cryo-EM dataset of H. neapolitanus CsoSCA in reducing conditions (inactive) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12992

Single-particle cryo-EM dataset of H. neapolitanus CsoSCA in reducing conditions (inactive) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Single-particle cryo-EM dataset of H. neapolitanus CsoSCA in reducing conditions (inactive)

Vogiatzi N, Gaullier G, Blikstad C

(---)

Related EMDB entry:

EMD-54976 EMD-54975 EMD-54977

Deposited:

2025-09-17

Released:

2026-05-01

Last modified:

2026-05-01

Imageset size:

1.31 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12992

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Raw movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

9745

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.648, 0.648)

Details:

The gain reference needs to be applied: gainref_counted.mrc (no flip nor rotation needed in CryoSPARC).

Particle coordinates are provided as .cs files from CryoSPARC, also converted to .star files using pyem (see README file for details).

J26_particles_exported: coordinates of hexamer particles
J48_particles_exported: coordinates of dimer sub-particles (after C3 symmetry expansion and 3D classification), minor class
J58_particles_exported: coordinates of dimer sub-particles (after C3 symmetry expansion and 3D classification), major class

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Gain reference file

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Gain reference file.

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

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