EMPIAR-12991 - Single-particle cryo-EM dataset of H. neapolitanus CsoSCA in oxidizing conditions (active) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12991

Single-particle cryo-EM dataset of H. neapolitanus CsoSCA in oxidizing conditions (active) [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

To be confirmed

Vogiatzi N, Gaullier G, Blikstad C

(---)

Related EMDB entry:

EMD-54972 EMD-54974 EMD-54973

Deposited:

2025-07-14

Released:

2026-05-01

Last modified:

2026-05-01

Imageset size:

1.31 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12991

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Raw movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

10002

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.648, 0.648)

Details:

The gain reference needs to be applied: gainref_counted.mrc (no flip nor rotation needed in CryoSPARC).

Particle coordinates are provided as .cs files from CryoSPARC, also converted to .star files using pyem (see README file for details).

J35_particles_exported: coordinates of hexamer particles
J55_particles_exported: coordinates of dimer sub-particles (after C3 symmetry expansion and 3D classification), minor class
J56_particles_exported: coordinates of dimer sub-particles (after C3 symmetry expansion and 3D classification), major class

Files:

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Gain reference file

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Gain reference file.

Files:

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rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

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