EMPIAR-12976 - Cryo-EM SPA dataset of the human nucleosome with the H2AX variant [multiple data sets in EER format]

EMPIAR-12976

Cryo-EM SPA dataset of the human nucleosome with the H2AX variant [multiple data sets in EER format]

Publication:

Structural insights into γH2Ax containing nucleosomes

Panigrahi R, Edwards R, Islam MT, Lu J, Kulepa A, Kim TH, Mark Glover JN

Nucleic acids research 53 (2025)

PMID: 41123210

DOI: 10.1093/nar/gkaf1028

Related EMDB entry:

EMD-48394 EMD-48403 EMD-48392 EMD-48395 EMD-48396

Deposited:

2025-09-11

Released:

2025-10-30

Last modified:

2025-10-30

Imageset size:

5.66 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12976

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of H2AX containing nucleosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

4800

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.77, 0.77)

Details:

Raw movies total exposure does 50 e/A^2

Files:

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2. Unaligned multi-frame micrographs of H2AX containing nucleosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

618

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.77, 0.77)

Details:

Raw movies total exposure does 50 e/A^2 collected at a tilt angle of 17 degrees

Files:

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3. Unaligned multi-frame micrographs of H2AX containing nucleosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

3068

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.77, 0.77)

Details:

Raw movies total exposure does 50 e/A^2 collected at a tilt angle of 35 degrees

Files:

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4. Unaligned multi-frame micrographs of H2AX containing nucleosome

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

1349

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

BIT

Pixel spacing:

(0.77, 0.77)

Details:

Raw movies total exposure does 50 e/A^2 collected at a tilt angle of 35 degrees

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CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

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