EMPIAR-12905 - Primary cortical neurons form calcium-phosphate sheets with a bone-precursor-like ultrastructure [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

EMPIAR-12905

Primary cortical neurons form calcium-phosphate sheets with a bone-precursor-like ultrastructure [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

Publication:

Primary cortical neurons precipitate and extrude large mitochondria-associated calcium-phosphate sheets with a bone-precursor-like ultrastructure

Anderson ED, Cronkite CA, Baldwin PR, Abella CP, Duman JG, Simmonds AN, Waxham MN, Tolias KF, Ludtke SJ

Molecular brain 19 (2026)

PMID: 41508094

DOI: 10.1186/s13041-025-01272-0

Related EMDB entry:

EMD-71863 EMD-71852 EMD-71853 EMD-71851 EMD-71850 EMD-71861 EMD-71859 EMD-71862 EMD-71864 EMD-71860

Deposited:

2025-07-28

Released:

2026-07-22

Last modified:

2026-07-22

Imageset size:

1.52 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12905

Experimental metadata:

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Contains:

tilt series
micrographs - single frame

Image Sets

1. 1 DIV rat cortical neuron tomograms high mag

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.24, 1.24)

Details:

EMAN 2.99 used for reconstructions

Specific tomograms used in paper figures:
-1day_ctrl_culture2_highMagImaged_04092025/Position_2,EMD-71859
-1day_ctrl_culture2_highMagImaged_04092025/Position_13,EMD-71860
-1day_ctrl_culture2_highMagImaged_04092025/Position_16,EMD-71861

Files:

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2. 1 DIV rat cortical neuron tomograms low mag

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

EMAN 2.99 used for reconstructions

Specific tomograms/micrographs used in paper figures:
-1day_ctrl_culture3_2_05222025/Position_34, EMD-71853
-1day_ctrl_culture3_2_05222025/Position_35, EMD-71852
-1day_ctrl_culture3_2_05222025/Position_25
-1day_ctrl_culture3_2_05222025/Position_29

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3. 20 DIV rat cortical neuron tomograms high mag

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(1.24, 1.24)

Details:

EMAN 2.99 used for reconstructions

Specific tomograms used in paper figures:
-01252025_control/Position_2,EMD-71862
-01252025_control/Position_8,EMD-71863
-01252025_control/Position_14,EMD-71864

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4. 20 DIV rat cortical neuron tomograms low mag

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

EMAN 2.99 used for reconstructions
Specific tomograms used in paper figures:
-20day_ctrl_culture3_2_05252025/Position_4, EMD-71850
-20day_ctrl_culture3_2_05252025/Position_5, EMD-71851

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5. EGTA 5 min incubation rat cortical neuron micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

185

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

Micrographs of 1DIV rat cortical neuron incubated for 1 hour in artificial cerebrospinal fluid and 10mM EGTA for 5 minutes prior to vitrification.

when applicable:
3def_5dose = -3 defocus, 5 electron dose images
10def_10dose = -10 defocus, 10 electron dose images

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6. aCSF control rat cortical neuron micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

116

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

Micrographs of 1DIV rat cortical neuron incubated for 1 hour in artificial cerebrospinal fluid prior to vitrification. Serves as control to the neurons incubated in 10mM EGTA for 5 min.

when applicable:
3def_5dose = -3 defocus, 5 electron dose images
10def_10dose = -10 defocus, 10 electron dose images

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7. LDSAED octacalcium phosphate and 1 DIV rat cortical neuron aggregate micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

115

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Low dose selective area electron diffraction micrographs of 1DIV aggregate and 3hr Octacalcium phosphate elongated plate precipitates.

Nyquist spatial frequency = 1.75 Å-1
Camera length = 670mm
Collected on a 200kV glacios

EMAN 2.99 used for analysis
lsaed_analysis.ipynb = python notebook containing scripts used to process and analyze diffraction micrographs

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8. Octacalcium phosphate tomograms

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

Calcium phosphate precipitates collected after 3 hours of mixing. Generated as described previously in: Habraken, Wouter J E M et al. "Ion-association complexes unite classical and non-classical theories for the biomimetic nucleation of calcium phosphate." Nature communications vol. 4 (2013): 1507. doi:10.1038/ncomms2490

EMAN 2.99 used for reconstructions

Specific tomograms used in paper figures:
-3hr_exp4_1_05182025/Position_11,EMD-71865
-3hr_exp4_2_05222025/Position_1,EMD-71867
-3hr_exp4_2_05222025/Position 4,EMD-71868

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9. Waxham lab E18 rat hippocampal neuron aggregate

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(3708, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(4.2, 4.2)

Details:

---

Files:

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10. Aggregate area calculation experiment micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

317

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

These folders contain micrographs collected for calculating the area of the calcium phosphate aggregates from neurons under different conditions.

3def_5dose = -3 defocus, 5 electron dose images
10def_10dose = -10 defocus, 10 electron dose images

aggregate_area_calc.ipynb = python notebook containing scripts used to calculate the aggregate areas
EMAN2 will need to be installed for it to run properly.
EMAN 2.99 version used for this analysis

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11. cryoCLEM micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

537

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.21, 3.21)

Details:

3def_5dose = -3 defocus, 5 electron dose images
10def_10dose = -10 defocus, 10 electron dose images

iFLM_raw_data folders contain the z stack fluorescent images generated with the Aquilos iFLM.
glacios_image_sessions folders contain aggregate micrographs
Associated powerpoints in each subfolder contain fluorescent overview images.

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Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

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Protein Data Bank Japan News

[2026-07-22]

341件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-22付）