EMPIAR-12800 - Particle stacks from ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient [multiple data sets in MRCS format]

EMPIAR-12800

Particle stacks from ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient [multiple data sets in MRCS format]

Publication:

Cryo-EM structure of ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient

Broggini L, Chaves-Sanjuan A, Ricagno S

(---)

Related EMDB entry:

EMD-53910 EMD-53891

Deposited:

2025-05-28

Released:

2025-09-04

Last modified:

2025-09-04

Imageset size:

492.91 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12800

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

picked particles - multiframe - unprocessed
picked particles - multiframe - processed

Image Sets

1. Initial particle stack extracted form start to end picking

Category:

picked particles - multiframe - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

726989

Image size:

(400, 400)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.839, 0.839)

Details:

Particle stack coming from an extraction job of relion and the initial start-to-end fibrils picks. The particles are unbined. Inside the folder there is a particle.star and a "movies" folder containing the associated *.mrcs files

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Particle stack of the final reconstructed ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient - polymorph A

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

67547

Image size:

(400, 400)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.839, 0.839)

Details:

Particle stack with the final alignment of the final reconstructed ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient - polymorph A corresponding to EMD-53891

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Particle stack of the final reconstructed ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient - polymorph B

Category:

picked particles - multiframe - processed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

31454

Image size:

(400, 400)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.839, 0.839)

Details:

Particle stack with the final alignment of the final reconstructed ANP amyloids from left atrial appendage of atrial fibrillation patient - polymorph A corresponding to EMD-53910

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)

CryoSift: an accessible and automated CNN-driven tool for cryo-EM 2D class selection.

Schäfer JH, Calza A, Hom K, Damodar P, Peng R, Bogdanović N, Lander GC, Stagg SM, Cianfrocco MA. (2025)