EMPIAR-12746 - CryoEM movies of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-12746

CryoEM movies of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

Preparation of oxygen-sensitive proteins for high-resolution cryoEM structure determination using blot-free vitrification

Cook BD, Narehood SM, McGuire KL, Li Y, Akif Tezcan F, Herzik Jr MA

Nature communications 16 (2025) 3528-3528

PMID: 40229244

DOI: 10.1038/s41467-025-58243-1

Related EMDB entry:

EMD-45825 EMD-45824

Deposited:

2025-04-28

Released:

2025-06-30

Last modified:

2025-06-30

Imageset size:

1.55 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12746

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

1996

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Unaligned multi-frame micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil collected on a Titan Krios G4 operating at 300 kV equipped with a Selectris-X energy filter with a 10eV slit width. All images were collected at a nominal magnification of 165,000x in EF-TEM mode (with a calibrated pixel size of 0.735 Å) on a Falcon4 direct electron detector. Micrographs were acquired in EER format with a cumulative electron exposure of 60 electrons/Å2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Aligned micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1996

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Aligned micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil collected on a Titan Krios G4 operating at 300 kV equipped with a Selectris-X energy filter with a 10eV slit width. All images were collected at a nominal magnification of 165,000x in EF-TEM mode (with a calibrated pixel size of 0.735 Å) on a Falcon4 direct electron detector. Micrographs were acquired in EER format with a cumulative electron exposure of 60 electrons/Å2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Gain file for motion correction of unaligned micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.735, 0.735)

Details:

Gain file required for motion correction of unaligned micrographs of human hemoglobin (Hb) in the presence of 60 mM sodium dithionite under Al's oil.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)