EMPIAR-12723 - Single-particle cryo-EM of Staphylococcus aureus ribosomes inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane [multiple data sets in EER, TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12723

Single-particle cryo-EM of Staphylococcus aureus ribosomes inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane [multiple data sets in EER, TIFF and MRC formats]

Publication:

Structures of the Staphylococcus aureus ribosome inhibited by fusidic acid and fusidic acid cyclopentane

González-López A, Larsson DSD, Koripella RK, Cain BN, Chavez MG, Hergenrother PJ, Sanyal S, Selmer M

Scientific reports 14 (2024)

PMID: 38902339

DOI: 10.1038/s41598-024-64868-x

Related EMDB entry:

EMD-17364 EMD-17365 EMD-17363

Deposited:

2025-04-04

Released:

2025-05-14

Last modified:

2025-05-14

Imageset size:

11.05 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12723

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - processed

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of FA-CP inhibited ribosomes

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

17252

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.728, 0.728)

Details:

Data (raw movies) were collected at SciLifeLab in Umeå, Sweden in a Titan Krios G2 operated at 300 kV and equipped with a Falcon-4i direct electron detector and Selectris energy filter using 10 eV slit. The data were acquired at 165,000 x nominal magnification with a calibrated pixel size of 0.728 Å. A 50 µm C2 aperture was inserted and the TEM was operated in nanoprobe mode at spot size 6 and 520 nm beam size. The EER formatted movies were collected in 684 raw frames with a total dose of 27.77 e-/Å2 (12.45 e-/pixel/s) over 2.23 s with a set defocus between -0.7 to -1.3 µm.
The movies are not gain-corrected, use the file provided within the main folder.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned multi-frame micrographs of FA inhibited ribosomes

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5486

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.824, 0.824)

Details:

Data (raw movies) were collected at SciLifeLab in Solna, Sweden on a Titan Krios G2 operated at 300 kV and equipped with a K3 BioQuantum direct electron detector and energy filter using 20 eV slit. The data were acquired at 105,000 x nominal magnification with a calibrated pixel size of 0.824 Å. A 50 µm C2 aperture was inserted and the TEM was operated in nanoprobe mode at spot size 6 and 670 nm beam size. The movies were collected in 30 frames over 1.3 s with a total dose of 30.83 e-/Å2 (16.1 e-/pixel/s) with a set defocus between -0.5 to -1.5 µm.
The movies are gain-corrected.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. EMD-17364 particles (FA-CP CHI)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

303005

Image size:

(700, 700)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.728, 0.728)

Details:

---

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. EMD-17363 particles (FA-CP POST)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

40800

Image size:

(700, 700)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.728, 0.728)

Details:

---

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. EMD-17365 particles (FA CHI)

Category:

picked particles - single frame - processed

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

178679

Image size:

(600, 600)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.824, 0.824)

Details:

---

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

6. Unaligned multi-frame micrographs of FA-CP inhibited ribosomes screening Glacios data

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

6052

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.952, 0.952)

Details:

Raw movies from the FA-CP inhibited ribosomes screening in a Glacios microscope operated at 200 kV with a magnification of 150,000x with a pixel size of 0.952 Å/pix. The movies were collected in 31 frames over 28.74 s with a total dose of 29.8 e-/Å2 (0.94 e-/pixel/s) with a set defocus between -0.5 to -1.5 µm.
The movies are gain corrected.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

7. Unaligned multi-frame micrographs of FA inhibited ribosomes screening Glacios data

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1460

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(0.952, 0.952)

Details:

Raw movies from the FA inhibited ribosomes screening in a Glacios microscope operated at 200 kV with a magnification of 150,000x with a pixel size of 0.952 Å/pix. The movies were collected in 30 frames over 27.79 s with a total dose of 30 e-/Å2 (1.00 e-/pixel/s) with a set defocus between -0.5 to -1.5 µm.
The movies are gain corrected.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)