EMPIAR-12713 - PSI-LHCI dimer from Marchantia polymorpha [multiple data sets in EER and MRC formats]

EMPIAR-12713

PSI-LHCI dimer from Marchantia polymorpha [multiple data sets in EER and MRC formats]

Publication:

Structural study of monomeric and dimeric photosystem I-LHCI supercomplexes from a bryophyte

Tsai PC, La Rocca R, Motose H, Shen JR, Akita F

Communications biology 9 (2026)

PMID: 41644713

DOI: 10.1038/s42003-026-09631-w

Related EMDB entry:

EMD-63405

Deposited:

2024-12-24

Released:

2026-05-23

Last modified:

2026-05-23

Imageset size:

8.12 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12713

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of M. polymorpha dimer photosystem I- 4 LHCI supercomplex

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

8303

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.727, 0.727)

Details:

Raw, non aligned micrograph movies in EER format from Falcon 4i detector.Total electron dose for 3.69 s exposure is 50 electrons per square angstrom, which is fractionated into 1240 EER frames. This data set was collected from 1 grid and the nominal defocus range is -0.6 to -1.8 μm.

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2. Unaligned multi-frame micrographs of M. polymorpha dimer photosystem I- 4 LHCI supercomplex

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

EER

No. of images or tilt series:

9727

Image size:

(4096, 4096)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.727, 0.727)

Details:

Raw, non aligned micrograph movies in EER format from Falcon 4i detector.Total electron dose for 3.98 s exposure is 50 electrons per square angstrom, which is fractionated into 1240 EER frames. This data set was collected from 1 grid and the nominal defocus range is -0.6 to -1.8 μm.

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3. Gain reference file

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Gain reference file for motion correction for the micrographs in folder 1.

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4. Gain reference file

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

Gain reference file for motion correction for the micrographs in folder 2.

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prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

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