EMPIAR-12612 - Molecular architecture of thylakoid membranes within intact spinach chloroplasts [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12612

Molecular architecture of thylakoid membranes within intact spinach chloroplasts [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Molecular architecture of thylakoid membranes within intact spinach chloroplasts

Wietrzynski W, Lamm L, Wood WHJ, Loukeri MJ, Malone L, Peng T, Johnson MP, Engel BD

bioRxiv (2024)

DOI: 10.1101/2024.11.24.625035

Related EMDB entry:

EMD-52542 EMD-52545 EMD-52548 EMD-52546 EMD-52543 EMD-52547 EMD-52544

Deposited:

2024-11-21

Released:

2025-05-09

Last modified:

2025-05-09

Imageset size:

303.89 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12612

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
reconstructed volumes

Image Sets

1. Spinacia oleracea, isolated chloroplast; Cryo-ET sessions; Unaligned frames and .mdocs

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

2028

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(3.52, 3.52)

Details:

Directory contains raw frames and .mdoc files corresponding to 30+ tomograms acquired over multiple sessions and selected for quality. Collected on Titan G1 with Bioquantum energy filter and K2 Summit detector.

Files:

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2. Spinacia oleracea, isolated chloroplasts; Denoised tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(928, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(14.08, 14.08)

Details:

Tomograms of isolated Spinach chloroplasts denoised using CryoCARE from odd- and even-frames.

Files:

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3. Spinacia oleracea, isolated chloroplasts; Membrane segmentations

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(928, 928)

Pixel type:

SIGNED BYTE

Pixel spacing:

(14.08, 14.08)

Details:

Selected segmentations of tomograms of isolated chloroplasts from Spinach. Membranes present in the volumes were detected and segmented using MemBrain-seg program.

Files:

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Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

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Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

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