EMPIAR-12594 - Cryo-EM of RNAP post-terminal complexes on negatively supercoiled DNA [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-12594

Cryo-EM of RNAP post-terminal complexes on negatively supercoiled DNA [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

RapA opens the RNA polymerase clamp to disrupt post-termination complexes and prevent cytotoxic R-loop formation

Brewer JJ, Inlow K, Mooney RA, Bosch B, Olinares PDB, Marcelino LP, Chait BT, Landick R, Gelles J, Campbell EA, Darst SA

Nature structural & molecular biology (2025)

PMID: 39779919

DOI: 10.1038/s41594-024-01447-8

Related EMDB entry:

EMD-40930

Deposited:

2025-02-28

Released:

2025-07-25

Last modified:

2025-07-25

Imageset size:

1.31 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12594

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned raw movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

20770

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.076, 1.076)

Details:

FEI Titan Krios + Gatan K3, counting mode, BioQuantum energy filter 20 eV slit, Cs 2.7 mm; accelerating voltage 300 kV; dose rate 28.40 e-/ A^2/s, frame time 0.05 s (38 frames) with total exposure of 1.90 s, total dose of 53.95 e-/A^2, pixel size 1.076 A/px; defocus range -0.9 to -2.5 um; gain reference is 22jun18a_18113825_01_4092x5760_norm_0.mrc (see references folder).

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2. Unaligned raw movies

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

20770

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.844, 0.844)

Details:

FEI Titan Krios + Gatan K3, counting mode, BioQuantum energy filter 20 eV slit, Cs 2.7 mm; accelerating voltage 300 kV; dose rate 28.40 e-/ A^2/s, frame time 0.05 s (38 frames) with total exposure of 1.90 s, total dose of 53.95 e-/A^2, pixel size 0.844 A/px(detector); pixel size 0.422 A/px(image); defocus range -0.9 to -2.5 um; gain reference is 22jun18a_18113825_01_4092x5760_norm_0.mrc (see references folder).

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A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）