EMPIAR-12572 - Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

EMPIAR-12572

Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF, MRC and MRCS formats]

Publication:

unpublished

Wang Y

(---)

Related EMDB entry:

EMD-62046 EMD-62045

Deposited:

2025-02-14

Released:

2025-12-07

Last modified:

2025-12-07

Imageset size:

1.95 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12572

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

3802

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

---

Files:

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ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Gain reference for cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

This gain reference doesn't need rotation and flipping.

Files:

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Particles for cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

2942

Image size:

(256, 256)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.1, 1.1)

Details:

The folder cryosparc/J1 is "Imported particles" of CryoSPARC-v4.3.1, and the particles is imported from "Particle extraction" of relion-v3.1.3.
The folder cryosparc/J7 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C1 symmetry is at a resolution of 2.90 angstrom.
The folder cryosparc/J15 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C2 symmetry is at a resolution of 2.71 angstrom.

Files:

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[2026-06-10]

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