EMPIAR-12566 - Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

EMPIAR-12566

Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 [multiple data sets in TIFF and MRCS formats]

Publication:

Structural and functional interrelationships of histone H2A with its variants H2A.Z and H2A.W in Arabidopsis

Wang Y

Structure (---)

DOI: 10.1016/j.str.2025.04.015

Related EMDB entry:

EMD-62034 EMD-62033

Deposited:

2025-02-14

Released:

2026-07-21

Last modified:

2026-07-21

Imageset size:

1.03 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12566

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
picked particles - single frame - unprocessed

Image Sets

1. Cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1116

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(1.072, 1.072)

Details:

These micrographs doesn't need a gain file.

Files:

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2. Particles for cryo electron micrographs of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2

Category:

picked particles - single frame - unprocessed

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

1116

Image size:

(256, 256)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.072, 1.072)

Details:

The folder cryosparc/J106 is "Imported particles" of CryoSPARC-v4.3.1, and the particles is imported from "Particle extraction" of relion-v3.1.3.
The folder cryosparc/J113 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C1 symmetry is at a resolution of 2.93 angstrom.
The folder cryosparc/J115 is "Homogeneous Refinement" of CryoSPARC-v4.3.1, and this "Homogeneous Refinement" which imposed C2 symmetry is at a resolution of 2.75 angstrom.

Files:

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Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

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[2026-07-22]

341件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-07-22付）