EMPIAR-12564 - Raw data used to generate the structures of Arp2/3 complex bound to NPFs [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-12564

Raw data used to generate the structures of Arp2/3 complex bound to NPFs [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

NPF binding to Arp2 is allosterically linked to the release of ArpC5’s N-terminal tail and conformational changes in Arp2/3 complex

Saks AJ, Barrie KR, Rebowski G, Dominguez R

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2025)

DOI: 10.1073/pnas.2421557122

Related EMDB entry:

EMD-46993 EMD-46925 EMD-46934 EMD-46926 EMD-46924 EMD-46913 EMD-46910 EMD-46992

Deposited:

2025-02-10

Released:

2025-07-25

Last modified:

2025-07-25

Imageset size:

4.46 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12564

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Dataset 1

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5111

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.43, 0.43)

Details:

Dataset 1 raw movies used to generate the structures described in the paper. A gain reference is also included in data/beckman072524/gainref. The movies were collected in super-resolution mode with a pixel size of 0.43 Å/pix and binned by 2 during motion correction to a pixel size of 0.86 Å/pix.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Dataset 2

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

8645

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.43, 0.43)

Details:

Dataset 2 raw movies used to generate the structures described in the paper. A gain reference is also included in data/beckman081324/gainref. The movies were collected in super-resolution mode with a pixel size of 0.43 Å/pix and binned by 2 during motion correction to a pixel size of 0.86 Å/pix.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)

CryoSift: an accessible and automated CNN-driven tool for cryo-EM 2D class selection.

Schäfer JH, Calza A, Hom K, Damodar P, Peng R, Bogdanović N, Lander GC, Stagg SM, Cianfrocco MA. (2025)