EMPIAR-12529 - Mouse RNF213 double ATPase mutant (Walker B3, Walker B4) in presence of ATP [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-12529

Mouse RNF213 double ATPase mutant (Walker B3, Walker B4) in presence of ATP [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

ATP functions as a pathogen-associated molecular pattern to activate the E3 ubiquitin ligase RNF213

Clausen T, Fletcher AJ, Virdee S, Grabarczyk D, Ahel J

Nature Communications (2025)

Related EMDB entry:

EMD-52570

Deposited:

2025-01-16

Released:

2025-12-17

Last modified:

2025-12-17

Imageset size:

1.91 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12529

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. unaligned multi-frame micrographs

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

4608

Image size:

(11520, 8184)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.53, 0.53)

Details:

data/raw_micrographs/ == unaligned multi-frame micrographs, not gain-corrected
data/extra/201019_EM_A_GainRef.mrc == gain reference for the dataset

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. averaged micrographs

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

4608

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(1.06, 1.06)

Details:

data/motioncorr/ == aligned corrected dose weighted averages via relion
data/extra/particles.star == relion 3.1+ star file describing the particles used in reconstruction of EMD-52571

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

ICECREAM: high-fidelity equivariant cryo-electron tomography.

Kishore V, Debarnot V, Righetto RD, Engel BD, Dokmanić I. (2026)