EMPIAR-12517 - Dataset 1: Complex 1 - 30S ribosome with IF1/2/3, tRNA, and GE81112 [multiple data sets in MRCS format]

EMPIAR-12517

Dataset 1: Complex 1 - 30S ribosome with IF1/2/3, tRNA, and GE81112 [multiple data sets in MRCS format]

Publication:

A binding site for the antibiotic GE81112 in the ribosomal mRNA channel

Schedlbauer A, Han X, van Bakel W, Kaminishi T, Ochoa-Lizarralde B, Iturrioz I, Çapuni R, Parry R, Zegarra R, Gil-Carton D, López-Alonso JP, Sanz KB, Brandi L, Gualerzi CO, Fucini P, Connell SR

bioRxiv (2024)

DOI: 10.1101/2024.09.26.614503

Related EMDB entry:

Deposited:

2024-11-17

Released:

2025-08-01

Last modified:

2025-08-01

Imageset size:

515.21 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12517

Experimental metadata:

Download xml json

Compressed by PDBj:

Image formats and pixel types shown below are those of the original, non-compressed files.

--- file not found ---

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Unaligned movies from session PID1604

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

1820

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Unaligned movies from session PID1621

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

1925

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(None, None)

Details:

---

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

Deep-learning methods for contrast enhancement and artifact reduction in cryo-electron tomography: a systematic analysis of the state of the art and proposed improvements.

Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

CryoGS: High-Quality Cryo-EM Homogeneous Reconstruction by Gaussian Splatting

Zeng B, Liu S, Cheng S, Xu G, Fan H. (2026)

Point cloud deformation modeling for particle selection following cryo-EM 2D classification.

Wang X, Mo Z, Li F, Zhang F, Wan X. (2026)

CryoSift: an accessible and automated CNN-driven tool for cryo-EM 2D class selection.

Schäfer JH, Calza A, Hom K, Damodar P, Peng R, Bogdanović N, Lander GC, Stagg SM, Cianfrocco MA. (2025)

See all citations

Protein Data Bank Japan News