EMPIAR-12464 - Heterogeneous Assembly of Herpesvirus Capsids In Situ Illuminated by Cryo-FIB/ET. [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

EMPIAR-12464

Heterogeneous Assembly of Herpesvirus Capsids In Situ Illuminated by Cryo-FIB/ET. [multiple data sets in MRC and TIFF formats]

Publication:

Heterogeneous Assembly of Herpesvirus Capsids In Situ Illuminated by Cryo-FIB/ET.

Oliver SL

(---)

Related EMDB entry:

Deposited:

2024-11-11

Released:

2026-02-26

Last modified:

2026-02-26

Imageset size:

3.27 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12464

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - single frame
micrographs - multiframe
tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Gain Reference

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.376, 3.376)

Details:

Gain reference for session 20201229.

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2. Unaligned Tilt Series Frames.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

675

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.438, 3.438)

Details:

These are the individual frames for tilt series collected for session 20201229 by cryo-ET of lamella produced by cryo-FIB of VZV infected MeWo cells.

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3. Gain Reference

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.333, 3.333)

Details:

Gain reference for session 20211103.

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4. Unaligned Tilt Series Frames.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1619

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

These are the individual frames for tilt series collected for session 20211103 by cryo-ET of lamella produced by cryo-FIB of VZV infected MeWo cells.

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5. Gain Reference.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.333, 3.333)

Details:

Gain reference for session 20211208.

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6. Unaligned Tilt Series Frames.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

971

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

These are the individual frames for tilt series collected for session 20211208 by cryo-ET of lamella produced by cryo-FIB of VZV infected MeWo cells.

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7. Gain Reference.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.333, 3.333)

Details:

Gain reference for session 20220507.

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8. Unaligned Tilt Series Frames.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

1373

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

These are the individual frames for tilt series collected for session 20220507 by cryo-ET of lamella produced by cryo-FIB of VZV infected MeWo cells.

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9. Gain Reference.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.646, 2.646)

Details:

Gain reference for session 20220615.

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10. Unaligned Tilt Series Frames.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

838

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

These are the individual frames for tilt series collected for session 20220615 by cryo-ET of lamella produced by cryo-FIB of VZV infected MeWo cells.

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11. EMAN2 Tilt Series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

Tilt series used to generate cryo-ET maps of the VZV capsid vertex and 3-fold axis of symmetry using EMAN2.

Files:

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12. Binned Tomograms

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1022, 1440)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(13.76, 13.76)

Details:

These tomograms are binned by 4 and used to generate cryo-ET maps of the VZV portal vertex from B- and C-capsids. Frames per image 200 was used as a place holder as the thickness (Z) for each tomogram varies due to ice thickness of cryo-FIB lamella.

Files:

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13. IMOD Aligned Stacks for VZV Capsid Portal Processing

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(3.44, 3.44)

Details:

This folder contains a subset of folders from IMOD alignments performed to generate files for input into the Relion 4 tomography pipeline.

Files:

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14. Segmentation using Dragonfly

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1023, 1440)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(13.76, 13.76)

Details:

This folder contains a reconstructed tomogram along with Dragonfly files used for training and segmentation. The individual segments are available in the ChimeraX-Segmentation folder.

Files:

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[2026-06-17]

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