EMPIAR-12455 - Micrographs that led to the structure of Dia1 on F-actin [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-12455

Micrographs that led to the structure of Dia1 on F-actin [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

Mechanisms of actin filament severing and elongation by formins

Palmer NJ, Barrie KR, Dominguez R

Nature 632 (2024) 437-442

PMID: 38843827

DOI: 10.1038/s41586-024-07637-0

Related EMDB entry:

EMD-44099 EMD-44135

Deposited:

2024-09-09

Released:

2025-01-08

Last modified:

2025-01-08

Imageset size:

10.01 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-12455

Experimental metadata:

Download xml json

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. Dataset 1 / Micrographs that led to the structure of Dia1 at the barbed end and middle of F-actin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

3644

Image size:

(8184, 11520)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.54, 0.54)

Details:

Micrographs collected at home microscope with 0.54 A pixel size, 300 kV, and 42.2 e/A^2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Dataset 2 / Micrographs that led to the structure of Dia1 at the barbed end and middle of F-actin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

5260

Image size:

(8184, 11520)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.54, 0.54)

Details:

Micrographs collected at home microscope with 0.54 A pixel size, 300 kV, and 41.60 e/A^2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Dataset 3 / Micrographs that led to the structure of Dia1 at the barbed end and middle of F-actin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

8722

Image size:

(8184, 11520)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.54, 0.54)

Details:

Micrographs collected at home microscope with 0.54 A pixel size, 300 kV, and 41.86 e/A^2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Dataset 4 / Micrographs that led to the structure of Dia1 at the barbed end and middle of F-actin

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

6575

Image size:

(8184, 11520)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.54, 0.54)

Details:

Micrographs collected at home microscope with 0.54 A pixel size, 300 kV, and 41.70 e/A^2.

Files:

このエントリはPDBjからダウンロードすることはできません。

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Browse EMPIAR

Sample Preparation Widget

Volume Browser

Tomo Viewer Prototype

Claim entries to your ORCiD

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Publications

Re-use study

Statistics

EMPIAR in the news

COVID-19 Data Portal

EMDB

BioImage Archive

PDBe

EMNavigator@PDBj

PDBj

Citations

AlignPCA-2D: PCA-reduced Euclidean vector alignment for 2D classification in cryo-EM.

Ramírez-Aportela E, Zarrabeitia OL, Fonseca YC, Ceska T, Subramaniam S, Carazo JM, Sorzano COS. (2026)

A variational framework with composite sparse regularization for cryo-electron tomography reconstruction.

Yu C, Xu Z, Zeng Q, Wan X, El-Messiry H, Zhang F, Han R. (2026)

Helical reconstruction of amyloids in cryoSPARC.

Schaefer JH, O'Neill RT, Donnelly JP, Powers ET, Kelly JW, Lander GC. (2026)

An unattended image-processing pipeline for on-the-fly quality assessment and 3D exploration in cryo-EM.

Marchán Torres D, Conesa P, Garcia A, Iceta M, Broche L, Gragera M, Linares R, Kwong HS, Chichón FJ, Svensson O, Arranz R, Effantin G, Kandiah E, Carazo JM, Sorzano COS. (2026)

CryoFSL: an annotation-efficient, few-shot learning framework for robust protein particle picking in cryo-electron microscopy micrographs.

Poudel B, Gyawali R, Dhakal A, Cheng J, Xu D. (2026)

prismPYP: Power-spectrum and image domain learning for self-supervised micrograph evaluation.

He L, Bartesaghi A. (2026)

CryoSIP: unleashing protein high-resolution Cryo-EM via semantic-instance collaborative picking.

Deng Y, Wang S, Xiang M, Li Y, Zhuo L, Cao D, Fu X, Zou Q. (2026)

Unbend, correction of local beam-induced sample motion in cryo-EM images using a 3D spline model.

Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

Chart builder: an interactive tool for user driven data visualization in the electron microscopy data bank.

Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2026-09-02]

283件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-09-02付）

[2026-08-25]

[wwPDB] 金属を含むPDBエントリーおよびCCDの修正改良

[2026-08-10]

[wwPDB] 構造解析ソフトウェアパッケージからwwPDB PDBおよび3DEM Core Archivesへ構造を直接登録できる新しいツール

[2026-07-30]

2026年日本バイオインフォマティクス学会にてランチョンセミナーを開催します

[2026-07-28]

[wwPDB] 過去のPDB登録からメタデータを再利用できます