EMPIAR-11969 - Cryo-electron tomography of mitotic chromosomes isolated from chicken DT-40 cells with annotated nucleosome positions [multiple data sets in TIFF, MRCS and MRC formats]

EMPIAR-11969

Cryo-electron tomography of mitotic chromosomes isolated from chicken DT-40 cells with annotated nucleosome positions [multiple data sets in TIFF, MRCS and MRC formats]

Publication:

Template Learning: Deep learning with domain randomization for particle picking in cryo-electron tomography

Harastani M, Patra G, Kervrann C, Eltsov M

Nature communications 16 (2025)

PMID: 41044063

DOI: 10.1038/s41467-025-63895-0

Related EMDB entry:

EMD-19823 EMD-19825

Deposited:

2024-03-14

Released:

2025-10-15

Last modified:

2025-10-15

Imageset size:

6.41 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11969

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
tilt series
reconstructed volumes

Image Sets

1. Unaligned multiframe tilt images of mitotic chromosomes

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.075, 2.075)

Details:

Raw unaligned multi-frame micrographs were aligned, sorted and combined into tilt series stacks using Motioncor2. The tilt series were reconstructed using etomo (IMOD).
Original metadata files (.mdoc) are provided in the mdoc folder and tomograms reconstructed using etomo (IMOD) (.mrc file in Tomogram folder). The alignment information (.xf file) is in the Alignment_info folder.

Files:

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2. Aligned tilt series of mitotic chromosome

Category:

tilt series

Image format:

MRCS

No. of images or tilt series:

Image size:

(4092, 5760)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(2.075, 2.075)

Details:

Tilt series stack (.mrcs file) aligned with etomo (IMOD).

Files:

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3. Reconstructed tomogram of mitotic chromosome

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1023, 1440)

Pixel type:

16 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(8.3, 8.3)

Details:

Tomogram (4-times binned reconstructions, original pixel size 2.075 Å) from aligned tilt series (.mrcs file in TiltSeries folder). The coordinates of nucleosomes annotated by Template Learning and template matching are in the picks folder.

Files:

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Citations

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Dual site targeting of the bacterial 70S ribosome by tetracyclines.

Devarkar SC, Lomakin IB, Wang J, Grada A, Bunick CG. (2026)

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Jones HN, Deshmukh A, Pande K. (2026)

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[2026-06-10]

333件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2026-06-10付）