EMPIAR-11841 - Automatically collected tilt series on cryoFIB milled lamellae of Baker's Yeast [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-11841

Automatically collected tilt series on cryoFIB milled lamellae of Baker's Yeast [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

Smart Parallel Automated Cryo Electron tomography

Eisenstein F, Fukuda Y, Danev R

bioRxiv (2023)

Related EMDB entry:

EMD-38295

Deposited:

2023-12-12

Released:

2024-07-03

Last modified:

2024-07-03

Imageset size:

1.20 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11841

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame
stitched maps
tilt series

Image Sets

1. Unaligned frames for all tilts of all tilt series of Yeast lamellae using SPACEtomo

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(4092, 5760)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.09, 2.09)

Details:

camera orientation: rotation by 90, flipped around y axis

Files:

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2. Projections of reconstructed tomograms using AreTomo2

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(510, 720)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(16.72, 16.72)

Details:

Automatically XY projections from AreTomo2 reconstructions of all tomograms for screening tilt series content.

Files:

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3. Montages of lamellae and grids collected by SPACEtomo

Category:

stitched maps

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(4092, 5760)

Pixel type:

SIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(18.9, 18.9)

Details:

Montages of lamellae of varying sizes and full grids collected automatically by SPACEtomo

Files:

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4. Meta information in form of mdoc files for all tilt series

Category:

tilt series

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(None, None)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.09, 2.09)

Details:

All mdoc files (unsorted) without dose information. Dose was 4.35 e/A^2/tilt.

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Citations

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Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

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