EMPIAR-11795 - CryoEM movies of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx [multiple data sets in MRC format]

EMPIAR-11795

CryoEM movies of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx [multiple data sets in MRC format]

Publication:

Structures of the nitrogenase complex prepared under catalytic turnover conditions

Rutledge HL, Cook BD, Nguyen HPM, Herzik Jr MA, Tezcan FA

Science (New York, N.Y.) 377 (2022) 865-869

PMID: 35901182

DOI: 10.1126/science.abq7641

Related EMDB entry:

EMD-26764

Deposited:

2023-08-12

Released:

2024-01-15

Last modified:

2024-01-15

Imageset size:

1.74 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11795

Experimental metadata:

Download xml json

Compressed by PDBj:

Image formats and pixel types shown below are those of the original, non-compressed files.

MRC movies (set*/movies/FoilHole*.mrc) in this entry were compressed by bzip2 (pbzip2)
by EMPIAR Japan to save space and bandwidth.

Some programs (e.g. RELION >= 4.0.1 and CryoSPARC) can process compressed movies without explicit
decompression. For other programs, movies have to be decompressed beforehand. In this case,
you might want to convert decompressed MRC movies into TIFF to save your local storage.

Original size:   5,722,022,736 kilobytes
Compressed size: 1,411,497,229 kilobytes

Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. Unaligned multi-frame micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx.

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2198

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Unaligned multi-frame micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx collected on a Titan Krios G3 (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 keV equipped with a Gatan BioContinuum energy filter. Images were collected at a magnification of 165,000x in EF-TEM mode (0.815 Å calibrated pixel size) on a Gatan K2 detector using a 20-eV slit width and a cumulative electron exposure of ~65 electrons/Å2 (50 frames).

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

ダウンロードするファイル数やサイズによっては、膨大な時間がかかります。また、この機能は不安定で正常に動作しない可能性があり、ダウンロードされたファイルのチェックサムは検証されません。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. Aligned micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx.

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2198

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Aligned micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx collected on a Titan Krios G3 (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 keV equipped with a Gatan BioContinuum energy filter. Images were collected at a magnification of 165,000x in EF-TEM mode (0.815 Å calibrated pixel size) on a Gatan K2 detector using a 20-eV slit width and a cumulative electron exposure of ~65 electrons/Å2 (50 frames).

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. Unaligned multi-frame micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1718

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. Aligned micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

1718

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

5. Unaligned multi-frame micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx at 15 degree tilt

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2211

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

6. Aligned micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx at 15 degree tilt

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2211

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

7. Unaligned multi-frame micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx at 25 degree tilt

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2103

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

8. Aligned micrographs of nitrogenase (MoFeP + FeP) from Azotobacter vinelandii under catalytic turnover conditions with inhibitor BeFx at 25 degree tilt

Category:

micrographs - single frame

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

2103

Image size:

(3838, 3710)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.815, 0.815)

Details:

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

Browse All Files

Quick Links

Talks and Tutorials

EMPIAR Quick tour

Statistics

Publications

Re-use case study

EMPIAR in the news

Claim entries to your ORCiD

COVID-19 Data Portal

EMDB

PDBe

BioImage Archive

EMNavigator@PDBj

PDBj

RCSB@PDBj

EMDataResoruce@RCSB,EMDB,NCMI

Citations

Small LEA proteins mitigate air-water interface damage to fragile cryo-EM samples during plunge freezing.

Abe KM, Li G, He Q, Grant T, Lim CJ. (2024)

Outer membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.

Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

Ubiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.

Hicks CW, Rahman S, Gloor SL, Fields JK, Husby NL, Vaidya A, Maier KE, Morgan M, Keogh MC, Wolberger C. (2024)

Molecular recognition of an odorant by the murine trace amine-associated receptor TAAR7f.

Gusach A, Lee Y, Khoshgrudi AN, Mukhaleva E, Ma N, Koers EJ, Chen Q, Edwards PC, Huang F, Kim J, Mancia F, Veprintsev DB, Vaidehi N, Weyand SN, Tate CG. (2024)

The novel ribosome biogenesis inhibitor usnic acid blocks nucleolar pre-60S maturation.

Kofler L, Grundmann L, Gerhalter M, Prattes M, Merl-Pham J, Zisser G, Grishkovskaya I, Hodirnau VV, Vareka M, Breinbauer R, Hauck SM, Haselbach D, Bergler H. (2024)

See all citations

Protein Data Bank Japan News

[2024-11-13]

236件のPDBエントリーが新たに公開されました。（2024-11-13付）

[2024-11-01]

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

[2024-10-30]

[wwPDB] 2024年11月1日より、wwPDBサイトのFTPファイル転送プロトコルを廃止します

[2024-10-25]

APBJC 2024にてランチョンセミナーを開催します

[2024-10-23]

令和6年(2024年)度日本結晶学会年会にてランチョンセミナーを開催します