EMPIAR-11783 - SpCas9 bound to 18 nucleotide complementary DNA substrate in the catalytic state [multiple data sets in TIFF and DM4 formats]

EMPIAR-11783

SpCas9 bound to 18 nucleotide complementary DNA substrate in the catalytic state [multiple data sets in TIFF and DM4 formats]

Publication:

R-loop formation and conformational activation mechanisms of Cas9

Pacesa M, Loeff L, Querques I, Muckenfuss LM, Sawicka M, Jinek M

Nature 609 (2022) 191-196

PMID: 36002571

DOI: 10.1038/s41586-022-05114-0

Related EMDB entry:

EMD-14499

Deposited:

2023-11-10

Released:

2023-12-11

Last modified:

2023-12-11

Imageset size:

1.76 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11783

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
micrographs - single frame

Image Sets

1. SpCas9 bound to 18 nucleotide complementary DNA substrate in the catalytic state

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

10547

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.65, 0.65)

Details:

Unaligned multi-frame movies with each containing 47 frames per movie collected at 300 kV in super-resolution counting mode. Total accumulated electron exposure on the specimen level corresponds to 64.2 electrons per Å^2. Movies are not gain corrected and the gain reference is provided. Data acquired with EPU.

Files:

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2. Gain reference

Category:

micrographs - single frame

Image format:

DM4

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(0.65, 0.65)

Details:

Gain reference

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He L, Bartesaghi A. (2026)

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Kong L, Zottig X, Elferich J, Grigorieff N. (2026)

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Fonseca N, Duraisamy AK, Wang Z, Somasundharam S, Tayebinia M, de Oliveira LC, Ma M, Turner J, Patwardhan A, Kleywegt GJ, Hartley M, Morris KL. (2026)

CryoVirusDB: An Annotated Dataset for AI-Based Virus Particle Identification in Cryo-EM Micrographs.

Gyawali R, Dhakal A, Wang L, Cheng J. (2026)

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[2026-06-10]

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