EMPIAR-11723 - Cryo-EM structure of the gastric proton pump [multiple data sets in TIFF format]

EMPIAR-11723

Cryo-EM structure of the gastric proton pump [multiple data sets in TIFF format]

Publication:

Deep learning driven de novo drug design based on gastric proton pump structures.

Abe K, Ozako M, Inukai M, Matsuyuki Y, Kitayama S, Kanai C, Nagai C, Gopalasingam CC, Gerle C, Shigematsu H, Umekubo N, Yokoshima S, Yoshimori A

Communications Biology 6 (2023)

PMID: 37726448

DOI: 10.1038/s42003-023-05334-8

Related EMDB entry:

EMD-35502 EMD-36424 EMD-35500 EMD-35501

Deposited:

2023-10-11

Released:

2024-11-08

Last modified:

2024-11-08

Imageset size:

7.34 TB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11723

Experimental metadata:

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Deposited via PDBj

Contains:

micrographs - multiframe

Image Sets

1. K3 movies for gastric proton pump with DQ-02

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

9650

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.753, 0.753)

Details:

- Please use 'CountCDSRef_2022-11-24_14.24.17_220830B06_51-1_0000.mrc' as a gain reference without rotation or flipping in RELION.
- The flux is 1 e/A2/frame.
- Cs is 2.7 mm.
- Four digits in the file name represent image shift directions.
- Movies were recorded with 5x5 image shift with two shots per hole.
- The pixel size in the image header is not correct.

Files:

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rsyncコマンド等でファイルリストを指定してダウンロードすることが可能です。

rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

2. K3 movies for gastric proton pump with DQ-06

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

8100

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.58, 0.58)

Details:

- Please use
'CountCDSRef_2022-10-21_12.30.19_220830C12_76-3_0000.mrc' for 'Movies' and
'CountCDSRef_2022-10-21_22.12.15_220830C12_82-17_0000.mrc' for 'Movies2'
as a gain reference without rotation or flipping in RELION.
- The flux is 1 e/A2/frame.
- Cs is 2.7 mm.
- Four digits in the file name represent image shift directions.
- Movies were recorded with 5x5 image shift with two shots per hole.
- The pixel size in the image header is not correct.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

3. K3 movies for gastric proton pump with DQ-18

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

9200

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.753, 0.753)

Details:

- Please use 'CountCDSRef_2022-12-20_13.53.39_221213A02_67-1_0000.mrc' as a gain reference without rotation or flipping in RELION.
- The flux is 1 e/A2/frame.
- Cs is 2.7 mm.
- Four digits in the file name represent image shift directions.
- Movies were recorded with 5x5 image shift with two shots per hole.
- The pixel size in the image header is not correct.

Files:

選択したファイルを無圧縮zipファイルにアーカイブ化してダウンロードします。

rsync、aspera、globus 等の利用をおすすめします。

選択したファイルのリストをダウンロードします。

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rsync -av --files-from=(path-to-filelist) rsync://empiar.pdbj.org/empiar/archive (path-to-destination)

4. K3 movies for gastric proton pump with DQ-21

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

7844

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(0.753, 0.753)

Details:

- Please use 'CountCDSRef_2023-04-27_15.38.01_230418C11_66-1_0000.mrc' as a gain reference without rotation or flipping in RELION.
- The flux is 1 e/A2/frame.
- Cs is 2.7 mm.
- Four digits in the file name represent image shift directions.
- Movies were recorded with 5x5 image shift with two shots per hole.
- The pixel size in the image header is not correct.

Files:

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