EMPIAR-11453 - Cryo electron tomography of induced protrusions of cofilin or control knock-down Drosophila S2 cells - Datasets 9 - 12 [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

EMPIAR-11453

Cryo electron tomography of induced protrusions of cofilin or control knock-down Drosophila S2 cells - Datasets 9 - 12 [multiple data sets in TIFF and MRC formats]

Publication:

CryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen

Ventura Santos C, Carter AP, Rogers SL

(---)

Related EMDB entry:

EMD-16811 EMD-16800

Deposited:

2023-03-07

Released:

2023-07-10

Last modified:

2023-07-10

Imageset size:

491.89 GB

Imageset DOI:

10.6019/EMPIAR-11453

Experimental metadata:

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Contains:

micrographs - multiframe
reconstructed volumes

Image Sets

1. Dataset 9 part 1: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.659, 2.659)

Details:

Data from Dataset 9 part 1: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference is provided within the main folder. Data was collected on a K3 camera at a pixel size of 2.659 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_330 - TS_351 are from cofilin knock-down cells. TS_352 - TS_366 are from control knock-down cells.

Files:

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2. Dataset 9 part 1: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(920, 1298)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.81, 11.81)

Details:

Dataset 9 part 1: Tomograms binned to 11.81 Å/ pixel, reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_330 - TS_351 are from cofilin knock-down cells. TS_352 - TS_366 are from control knock-down cells.

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3. Dataset 9 part 2: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 9 part 2: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference and defects files are provided within the main folder. Data was collected on a K2 summit camera at a pixel size of 2.952 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_462 - TS_470 are from control knock-down cells.

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4. Dataset 9 part 2: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.81, 11.81)

Details:

Dataset 9 part 2: Tomograms binned by 4 (11.81 Å/ pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_462 - TS_470 are from control knock-down cells.

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5. Dataset 10: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 10: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference and defects files are provided within the main folder. Data was collected on a K2 summit camera at a pixel size of 2.952 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_424 - TS_442 are from cofilin knock-down cells. TS_443 - TS_461 are from control knock-down cells.

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6. Dataset 10: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.81, 11.81)

Details:

Dataset 10: Tomograms binned by 4 (11.81 Å/ pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_424 - TS_442 are from cofilin knock-down cells. TS_443 - TS_461 are from control knock-down cells.

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7. Dataset 11 part 1: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 11 part 1: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference and defects files are provided within the main folder. Data was collected on a K2 summit camera at a pixel size of 2.952 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_495 - TS_505 are from cofilin knock-down cells. TS_506 - TS_527 are from control knock-down cells.

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8. Dataset 11 part 1: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.8, 11.8)

Details:

Dataset 11 part 1: Tomograms binned by 4 (11.8 Å/ pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_495 - TS_505 are from cofilin knock-down cells. TS_506 - TS_527 are from control knock-down cells.

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9. Dataset 11 part 2: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(5760, 4092)

Pixel type:

UNSIGNED BYTE

Pixel spacing:

(2.659, 2.659)

Details:

Data from Dataset 11 part 2: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference is provided within the main folder. Data was collected on a K3 camera at a pixel size of 2.659 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_367, TS_371, TS_380 are from cofilin knock-down cells.

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10. Dataset 11 part 2: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(1022, 1440)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(10.64, 10.64)

Details:

Dataset 11 part 2: Tomograms binned by 4 (10.64 Å/ pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_367, TS_371, TS_380 are from cofilin knock-down cells.

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11. Dataset 12: Raw multi-frame tilt images of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

micrographs - multiframe

Image format:

TIFF

No. of images or tilt series:

Image size:

(3710, 3838)

Pixel type:

UNSIGNED 16 BIT INTEGER

Pixel spacing:

(2.952, 2.952)

Details:

Data from Dataset 12: Raw multi-frame movies of tilt series collected on protrusions of control or cofilin knock-down Drosophila S2 cells treated with 2.5 uM Cytochalsin D for 2 hours and 2 uM thapsigargin for 5 hours. The gain reference and defects files are provided within the main folder. Data was collected on a K2 summit camera at a pixel size of 2.952 Å / pixel. Metadata from tilt series acquisition (Mdoc files) is provided inside the Mdoc_files folder.
TS_528 - TS_540 are from cofilin knock-down cells. TS_542 - TS_556 are from control knock-down cells.

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12. Dataset 12: Binned, deconvolved tomograms of induced protrusions of control and cofilin knock-down Drosophila S2 cells

Category:

reconstructed volumes

Image format:

MRC

No. of images or tilt series:

Image size:

(960, 928)

Pixel type:

32 BIT FLOAT

Pixel spacing:

(11.8, 11.8)

Details:

Dataset 12: Tomograms binned by 4 (11.8 Å/ pixel), reconstructed and deconvolved in WARP.
TS_528 - TS_540 are from cofilin knock-down cells. TS_542 - TS_556 are from control knock-down cells.

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Fenn KL, Horne JE, Crossley JA, Böhringer N, Horne RJ, Schäberle TF, Calabrese AN, Radford SE, Ranson NA. (2024)

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